Сборка сруба: Сборка сруба из бревна своими руками

Содержание

Лучшие статьи. Монтаж (сборка) сруба деревянного дома.

Монтаж коробки из оцилиндрованного бревна и устройство стропильной конструкции — это немаловажный этап строительства, так здесь закладывается основа Вашего дома.

Несоблюдение правил при строительстве деревянного дома может привести к неравномерной усадке, а значит «выпячивание стены», зазоров в чашах или между бревнами, многими другим дефектам. Важно, чтобы сборку сруба деревянного дома выполняли профессионалы.

 

Расскажем о некоторых особенностях сборки деревянных домов:

  • При сборке сруба каждое бревно должно располагаться четко над предыдущим. Максимально допустимое отклонение бревен в торце от перпендикулярной оси — 1 см на 1,5 м стены. Для соблюдения этой нормы каждое бревно вымеряется «уровнем» и фиксируется деревянными нагелями в каждом ряду с двух сторон каждого переруба. Если этого не сделать, то бревно при усадке будет «крутить», и оно немного повернется. Даже незначительное вращение бревна в срубе приведет к появлению зазоров в чашах, а следовательно к серьезным потерям в сопротивлении теплопроводности деревянного дома.
  • При сборке деревянного дома обязательно следует стягивать скобами бревна, которые стыкуются в перерубах. Этот нюанс может быть не заметен Заказчику, но если это не сделать, то после усадки между бревнами в стыках образуются зазоры (мостики холода), что влечет за собой потерю сопротивления теплопроводности.
  • При сборке сруба нельзя забывать о процессе естественной усадки. Дело в том, что стропильная система бревенчатого дома отличается от классических схем наслонных и висячих стропил. В первые годы своей жизни сруб дает усадку в 6-8% своей высоты. В ходе усадки мансардного этажа стропила должны плавно скользить вдоль слег (бревна, параллельные коньковому бревну) и верхних бревен стен. Самый тонкий момент в такой стропильной системе – использование подвижных соединений, скрепляющих стропила и верхние бревна стен (на слегах стропила не фиксируются, а просто лежат своим весом). Правильная установка этих элементов крайне важна, иначе может «зависнуть» вся крыша, что приведет к плачевным последствиям («выпирание одной стены дома»).
  • В основе безупречной сборки деревянного лежит качественно произведенные элементы (оцилиндрованное бревно, профилированный брус, клеенный брус). Очень важно изготовление на производстве правильного профиля или продольного паза, точной нарезки чаш согласно проекту деревянного дома.

Выводы

Мы перечислили основные, но далеко не все особенности деревянного домостроения. Но даже зная их, можно сделать следующие выводы:

  • Деревянный дом можно собрать быстро (2-3 недели), «как детский конструктор» и, следовательно, дешево. Но такая спешка неизбежно приводит к потере сопротивления теплопроводности деревянного дома, ведь необходимая точность в укладке сруба и качественное крепление бревен требует времени.
  • Доверять сборку своего дома только профессионалам, чтобы избежать глобальных проблем, не исключая необходимость переборки деревянного сруба.
  • Заказывать производство деревянного дома и его сборку лучше в одной компании, потому в противном случае при обнаружении брака зачастую найти виновного очень трудно. Желательно, чтобы условия, ответственность и результат услуг по производству и сборке были прописаны в одном договоре.

типы бревенчатого дома и последовательность сборки

Оцилиндрованное бревно проходит многоступенчатую обработку, которая делает его очень удобным для монтажа: диаметр одинаковый по всей длине и соединительные элементы тщательно проработаны на производственной площадке. Услуги профессиональных строителей стоят дорого, а с этим материалом вполне можно справиться самостоятельно, поэтому сборка сруба из оцилиндрованного бревна своими руками позволит значительно сэкономить.

Типы бревенчатого дома

Оцилиндрованный сруб собрать своими руками можно всего за несколько дней, но для этого необходима максимально качественная обработка поверхности брёвен и соединительных чаш. Поэтому приобретать этот материал нужно в крупных компаниях, которые обладают достаточной производственной мощностью и нормальным техническим оснащением, чтобы справляться с заказами на высоком качественном уровне.

Чтобы правильно собрать сруб, необходимо уложить обработанные брёвна по схеме с соблюдением строительной технологии. Есть несколько вариантов возведения бревенчатого сруба:

  • Четырёхстенок. Это самый простой вариант постройки, при котором брёвна соединяются между собой только по углам. В качестве дополнительного соединительного элемента используется продольный паз, который делается по всей длине и позволяет ровно уложить один венец на другой. Стандартная длина оцилиндровки – 6 метров, поэтому такой вариант строительства подходит только для небольших по площади зданий.
  • Пятистенок – вариант, который предполагает строительство поперечной пятой стены. Она играет роль ребра жёсткости в большом строении и не даёт ему рассыпаться. Пятистенок используют для домов увеличенной площади.
  • Фигурная сборка используется для возведения необычных многоугольных сооружений, а также для создания эркеров в коттеджах и других загородных домах. Фигурная сборка предполагает изготовление наклонных монтажных чаш и требует тщательной проработки каждого венца. Сборку в этом случае тоже лучше поручить профессионалам.

Последовательность действий при монтаже

Как собрать сруб своими руками: работа начинается с создания проекта, который можно найти в готовом виде или разработать с нуля. После того как будет выбрано место на участке, его нужно очистить от мусора и различных зелёных насаждений, после чего возводится фундамент. Для построек такого типа чаще всего выбирается ленточное основание, которое закладывается по периметру дома и в местах расположения перегородок.

Когда основание полностью высохнет и застынет, можно переходить к монтажу стен по технологии. Компании, изготавливающие оцилиндровку, предлагают клиентам приобрести стеновой комплект, состоящий из пронумерованных древесных стволов, обработанных антисептиками.

Сколько собирают сруб? — Непосредственно работы могут занять всего несколько дней, но после завершения строительства здание оставляют на период усадки. Полноценный процесс длится не менее года. В течение этого периода постройку нельзя протапливать, так как из-за разницы в температурах древесина может начать трескаться.

РЕКЛАМА

Как собрать готовый сруб из бревна своими руками- последовательность этапов работы:

  1. Обработанный стеновой комплект доставляется на строительную площадку, где уже полностью готов фундамент. Чаще всего для зданий из оцилиндровки используется, как мы уже говорили, ленточное основание, оно идеально подойдёт для больших деревянных коттеджей или для обычных скромных домов.
  2. На фундамент укладывается слой гидроизоляционных материалов, который в дальнейшем будет защищать нижние венцы от разрушительного воздействия влаги. На гидроизоляцию укладывают нижний венец, его сторону рекомендуется стесать, чтобы бревно плотно легло на основу.
  3. Брёвна собираются в венцы в соответствии со схемой, при этом между венцами прокладывается рулонный утеплитель из натуральных материалов. Каждый ряд необходимо проверять отвесом и уровнем, чтобы стена получилась максимально ровной и располагалась строго вертикально.
  4. Как правильно собрать сруб из оцилиндрованного бревна, чтобы он был прочным и крепким? Для этого применяется такая технология, как сборка на нагели. Так называют деревянные штыри, которые играют роль соединительных элементов и используются при сборке.
  5. Нагели размещают в вертикальных отверстиях в брёвнах в шахматном порядке на расстоянии около 2 метров друг от друга. Нагели полностью утапливаются на несколько сантиметров вглубь дерева. Это обязательное условие, иначе в дальнейшем при усадке венцы могут просто на них повиснуть, и тогда вся постройка потребует капитального ремонта.
  6. В доме согласно схемам оставляют проёмы для окон и дверей, в них ставят обсадные коробки. Это приспособления, позволяющие устанавливать окна и двери и минимизировать усадку: обсадная коробка монтируется на специальный паз с помощью выступа и не прикрепляется наглухо к стене. При усадке стена будет равномерно опускаться, и обсада убережёт оконные рамы от повреждения. Между ней и стеной оставляют пустое пространство, этот зазор заполняют упругими утеплителями, постепенно он сужается и в дальнейшем исчезнет совсем.

Зная, как собрать оцилиндрованный сруб, можно достаточно быстро возвести прочное и тёплое здание, которое прослужит много лет. Когда уложен последний венец и установлены балки перекрытий, можно приступать к установке стропил и монтажу кровельной системы. Деревянный дом отлично сочетается и выглядит гармонично с различными материалами для кровли.

Отделка

Часто говорят о том, что строение из оцилиндровки не нуждается в дополнительной отделке, так как дерево красиво само по себе. Отчасти это верно: естественный рисунок и цвет древесины очень привлекательны, и закрывать их какими-либо другими материалами не стоит, а стена не нуждается в выравнивании.

И всё же совсем без отделки оставить дом из оцилиндрованного бревна не получится, так как живому материалу необходима полноценная защита от разрушения: дереву угрожают биологические и физические негативные факторы. Есть несколько типов отделочных работ:

  1. Шлифовка – удаление верхнего слоя древесины и подготовка к последующей обработке. Чаще её используют при отделке старых домов во время капитального ремонта, но если владелец хочет получить детальную поверхность нового материала, можно провести шлифовальные работы сначала болгаркой, а затем вручную наждачной бумагой. В результате дерево будет максимально ровным и гладким и приобретёт естественный цвет, который со временем темнеет.
  2. Антисептическая обработка. Она проводится непосредственно после шлифовки, необходимо обработать каждый сантиметр поверхности специальными пропитками. Они создают защитный барьер, препятствующий возникновению гниения, плесени, появлению грибка или насекомых. Антисептиком строение обрабатывается полностью: это не только стены, но и перекрытия, черновой и чистовой пол и т. д.
  3. Обработка антипиреном. Любому деревянному зданию угрожает пожар, и покрытие древесины огнезащитными составами позволит не допустить р

Технология сборки деревянного дома, сруба

Технология сборки сруба из оцилиндрованного бревна.

Технология строительства домов из оцилиндрованного бревна сочетает в себе как веками проверенные приемы, так и последние достижения современной науки, и имеет свои особенности. Поэтому сборка сруба должна производиться специалистами с опытом работы в деревянном домостроении.

После сооружения и гидроизоляции фундамента производится укладка антисептированных подкладных досок (см. фото ниже).


Сборку стен сруба следует вести согласно сборочным чертежам (развертки стеновых элементов). Перед укладкой бревна, в продольный паз крепят межвенцовый утеплитель- джутовое полотно толщиной 5мм и шириной 200 мм, подгибая края  джута внутрь и расправляя на чашке (рис 2).  Джутовое полотно содержит лигнин (20%), это практически соответствует содержанию лигнина в дереве. В процессе возведения дома стены дают усадку, уплотняя джутовое полотно, которое при склеивании волокон лигнином, приобретает требуемую плотность и монолитность, а также повышенную устойчивость к воздействию влаги.

  Венцы сруба скрепляют между собой  деревянными нагелями

в шахматном порядке через 1-1,5 м, что обеспечивает прочность конструкции и препятствует смещению бревен относительно друг друга (рис 3). Сечение нагеля должно быть квадратной формы, что обеспечивает меньшую площадь контакта нагеля и отверстия в бревне и предохраняет сруб от зависания бревен. 

Сращивание бревен по длине делают в перерубах, скрепляя стык стальными скобами или шпильками. Этот нюанс может быть не заметен Заказчику, но если это не сделать, то после усадки между бревнами в стыках  образуются мостики холода — зазоры, что может повлечь за собой потерю сопротивления теплопроводности.

 После сборки стен первого этажа, осуществляют монтаж балок перекрытия. Сечение и шаг балок перекрытия подбирается в зависимости от длины пролета и нагрузки.  Балки перекрытия впиливают в стену (рис 4) или крепят специальными металлическими опорами, подвесами. 

При монтаже стропильной системы должны обязательно учитываться конструктивные особенности деревянных строений — их «подвижность» и усадка (рис 5).

   

Заключительный этап — изготовление «кровельного пирога» (рис 6 и 7), толщина и «начинка» которого подбираются взависимости от назначения помещения, и кровельные работы, которые осуществляются в соответствии с проектом и рекомендациями изготовителя кровельного материала.

 

Стоимость оцилиндрованного бревна

 

 

 

Детали сборки и строительства бревенчатого дома

Многие из наших клиентов заключают договор со своим дилером и / или строителем Katahdin на строительство дома из бревенчатого кедра Katahdin. Они имеют опыт строительства бревенчатых домов и регулярно работают с местными мастерами и субподрядчиками.

Однако многим нашим клиентам нравится строить собственные бревенчатые дома. Если вам нравится заниматься своими руками и вы хотите немного сэкономить, вы обнаружите, что у Катахдина есть ресурсы, чтобы помочь вам от составления бюджета до завершения.Фактически, мы получили признание на национальном уровне за наше обучение и поддержку!

Факторы, которые следует учитывать при самостоятельном строительстве бревенчатого дома

Сколько времени нужно, чтобы построить бревенчатый дом? — Ответ зависит от ряда факторов, не ограничиваясь дизайном вашего дома, погодой, местностью и опытом строителей.

Оценка рабочей силы — Обычно мы оцениваем один человеко-час на квадратный фут площади дома в стиле прогона. Расчет по времени меньше — три четверти часа — для домов ферменного типа.

Составление бюджета -Чтобы оценить стоимость вашего завершенного дома из бревенчатого кедра Katahdin, вам необходимо проконсультироваться с местными подрядчиками и поставщиками по вопросам отопления и охлаждения, электрооборудования, бытовой техники и оборудования, фундаментных работ и других необходимых предметов. Добавьте сюда расходы на столярные и строительные работы, землю и стоимость пакета, и вы сможете установить свой бюджет.

Доставка вашего бревенчатого дома

Срок поставки — Планируйте от четырех до шести недель с момента размещения заказа до доставки, в зависимости от времени года.Не забудьте согласовать свой график, чтобы мы могли доставить ваш дом, когда вы будете к этому готовы.

Доступ к вашему объекту — При планировании инфраструктуры помните, что нашим тракторным прицепам нужны широкие и достаточно прямые дороги, чтобы добраться до вашего объекта.

Разгрузка — Убедитесь, что ваша рабочая бригада будет на месте, когда ваш дом будет доставлен. Уточните у своего дилера, какое оборудование и какие рабочие вам понадобятся для разгрузки вашей конкретной конструкции.

Типовой бревенчатый дом в сборе

Предварительно распиленные и просверленные на наших станах — Мы можем сэкономить время и сократить объемы резки на месте за счет предварительной резки и просверливания каждого бревна на нашей современной линии домов, чтобы они сцепились и обеспечивали надежную посадку .

Дополнительный пакет изоляции — Для увеличения естественного R-фактора северного белого кедра мы предлагаем пакет изоляции без дополнительной оплаты. Дополнительным преимуществом этого изоляционного пакета является возможность прокладки электрических проводов без необходимости сверления бревенчатых стен на месте, что дает значительную экономию.

Стили облицовки бревен — Независимо от того, предпочитаете ли вы внешний вид обшитой вручную фрезерованной отделки или даже бревно в стиле вагонки, у Katahdin есть несколько вариантов оформления на выбор.

Бревно в сборе

A — Торцевой шов загерметизирован и выровнен с помощью деревянных шлицев 3/4 ″ X 1 1/4 ″
B — Уплотнительная лента из вспененного ПВХ между всеми бревнами
C — Стяжной винт примерно на 2 — 3 фута на центр

Дополнительный изоляционный пакет

D — Внутренняя стенка из кедра с пазом и пазом
E — Конопатка на внешнем крае гребня
F — Пенополистирольная изоляция толщиной 1 дюйм

7 вещей, которые нужно знать, прежде чем строить бревенчатый дом

Бревенчатые дома захватывают воображение домовладельцев в Америке
с 1600-х годов, и не зря: их эстетика приглашает жителей
принять простое, тихое состояние ума.Сегодня, когда ожидается, что
будет в постоянном движении, все, что символизирует бревенчатый дом, важнее, чем когда-либо.

Но прежде чем вы начнете рубить деревья и объявить себя
новым лесным жителем, знайте, что шутки о жизни в хижине
не обязательно даются легко. Бревенчатые дома уникальны во всем, от их внешнего вида
до процесса строительства, и незнание этих различий может вызвать у
несколько головных болей в будущем.

Думаете о строительстве бревенчатого дома? Вот семь вещей, которые
вам нужно знать перед тем, как начать.

Бревенчатый дом против бревенчатого дома

Вы говорили, что бревенчатый дом
— неправильный термин?

Да и нет! Бревенчатый дом — это любая конструкция, построенная из бревен, а бревенчатая хижина — это, как правило, меньшая, более уединенная и менее современная версия — одна из тех, что «квадрат — это прямоугольник, а прямоугольник — не квадрат». В основном это сводится к площади, расположению, удобствам и улучшениям, поэтому, хотя мы будем использовать термин «бревенчатый дом», знайте, что это может означать бревенчатый домик или бревенчатый… обувной дом или любую бревенчатую конструкцию, которую вы здание.(Если вы построили или построили бревенчатый дом в форме башмака, поделитесь фотографиями!)

Бесконечные стили

Бревенчатые дома так же уникальны, как и люди, которые их строят:
Разные деревья, разные конструкции углов, различные процессы укладки бревен
и закрепления бревен — каждый из этих факторов радикально меняет внешний вид бревенчатого дома
. Домовладельцы могут выбирать между распиленными бревнами — которые
распилены с одинаковой шириной, но все же
сохраняют свою уникальность — или фрезерованными бревнами, которые отправляются через пресс-форму, поэтому размер и внешний вид
регулируются.

Хотя часть привлекательности бревенчатого дома состоит в том, что бревна
составляют весь интерьер и экстерьер, современные интерпретации этого классического дома
часто включают также другие материалы. Кирпичный вход или камин могут подойти
больше вашей эстетике, или вы можете обнаружить, что общая яркость, которую гипсокартон
привносит в пространство, важнее, чем приверженность дереву. Что бы вы ни представляли, современные бревенчатые дома прошли долгий путь от простых конструкций из дерева
и могут быть спроектированы на любой вкус.

Электричество и проводка… Сложные

Некоторые владельцы бревенчатых домов жалуются на невыносимое тепло летом и отрицательные температуры зимой. Это не только создает неудобные условия проживания, но также может вызвать финансовые затруднения. Как можно этого предотвратить?

Распространенная проблема — неправильная конструкция, в результате чего в бревнах образуются
щелей, препятствующих изоляции. Убедитесь, что вы намеренно указали
, какой сорт дерева вы используете для строительства дома — исследуйте, какие из них лучше всего сохраняют тепло в вашем районе —
и убедитесь, что вы работаете со специалистом, который знает, что они делают.
Этот процесс заполнения отверстий или зазоров эластичным герметиком или надрезания
является важным этапом, который нельзя пропустить. Это помогает поддерживать комфортную температуру в вашем доме
.

Помимо отопления и охлаждения, подключение к электросети
сложно. Просверливание бревна, прокладка провода, установка розеток и выключателей
по всему дому — вам понадобится профессионал, который поможет вам пройти через
весь процесс. Огромный размер журналов делает планирование абсолютно необходимым,
и внесение изменений в последнюю минуту — не совсем вариант.Однако, если вы обдумаете все до конца, у вас в мгновение ока будет современный бревенчатый дом.

Виды действительно таковы.

Бревенчатые дома стали синонимом широких открытых пространств и
красивых фонов именно потому, что их деревенский вид лучше всего смотрится
в дикой местности или сельской местности, а эстетика привлекает людей, привлеченных
природой. . Планируя свой бревенчатый дом, примите во внимание, где будет размещен ваш дом
, чтобы вы могли убедиться, что живописный фон, о котором вы мечтали,
определенно находится в пределах досягаемости.Нет ничего более удивительного, чем просыпаться каждое утро перед захватывающим видом
.

Требуется больше обслуживания, чем вы думаете

Тот факт, что бревенчатые дома возвращаются к более простым временам
, не означает, что в них все просто и легко. Уникальность
этого домашнего стиля заключается в его поддержании, поэтому вам нужно знать, во что вы ввязываетесь
, прежде чем совершить это.

Например, никто не любит жуков в своем доме, но бревенчатые дома
— лучшая недвижимость для животных.Иногда насекомые
присутствуют в древесине уже во время строительства, а иногда они попадают в ваше убежище
после строительства. Как вы их держите? Древесину
необходимо высушить и правильно обработать профилактическими средствами на этапе строительства, а после въезда
вы должны быть ответственным владельцем бревенчатого дома. Регулярно осматривайте
снаружи вашего дома; при любых признаках возможного заражения исследуйте
и обратитесь за профессиональной помощью. В то время как некоторые вредители доставляют больше неудобств, чем проблемы, другие
способны нанести серьезный ущерб вашему дому.

Другая часть регулярного обслуживания бревенчатых домов — это
повторная отделка и восстановление внешнего вида. По мере того, как элементы испытывают ваш дом, отделка
будет постепенно стираться, и ее придется наносить повторно. Будьте готовы
ремонтировать свой дом каждые три-четыре года (хотя некоторые виды отделки
служат гораздо дольше).

Независимо от того, готовы вы к этому или нет, в вашем бревенчатом доме
также будет несколько проблем с разделением. Со временем (чаще всего в первые
трех лет) бревна сжимаются по мере высыхания влаги; это приводит к появлению небольших трещин или щелей
внутри бревен и между ними.Это называется проверкой: трещины
встречаются в каждом бревенчатом доме, но это все же препятствие, о котором следует знать. Как отмечалось ранее в
, важно обработать эти трещины трещиноватым материалом, чтобы
сохранить бревна в хорошем состоянии.

Мы отговариваем вас от строительства дома своей мечты? Пока не убегай! Одно из огромных преимуществ бревенчатых домов — это их прозрачность, когда дело касается их потребностей. Обеспокоенные муравьи-плотники заселили? Ищите небольшие отверстия, указывающие на роющих вредителей, возможно, с небольшим количеством опилок возле отверстий.Заметили полоску гнили на одной стороне дома, прямо под желобом? Похоже, водосточный желоб установлен неправильно, и вода стекает по стене дома. Бревенчатые дома очень коммуникативны, и пока вы их слушаете, проблемы вряд ли выйдут из-под контроля и станут неразрешимыми.

Деревенский стиль — не ваш единственный друг

Честно говоря, вам, вероятно, не стоит рассматривать бревенчатый дом
, если деревенская эстетика вам не нравится.Но если
не полностью на борту, с рогами на каждой стене и постоянно забрасываемым деревом
, это прекрасно. Ранее мы упоминали, что использование в интерьере других материалов
, таких как кирпич или гипсокартон, может помочь разбить пространство, но эти
— не единственный вариант. Подумайте о покраске оконных рам и шкафов или
с использованием недревесных материалов для пола. Зеркальный декор и мебель
также делают многое, чтобы украсить пространство.

Независимо от ваших вкусов, вы не хотите, чтобы один узор доминировал над
в каждой комнате.Не бойтесь нарушить характер вашего дома с помощью
больших настенных подвесок или брызг краски. Бревенчатый дом — это не что иное, как бревенчатый дом из
домов только потому, что вы отклонились от стопроцентной деревенской эстетики.

Вы можете построить один из набора

В мире мгновенного доступа, в котором мы живем, кто-то всегда
ищет более простое (а зачастую и более быстрое) решение. Строительство бревенчатого дома
вручную — это невероятный учебный опыт, но на его выполнение могут уйти годы.
Ищете более быстрый вариант?

Рассмотрим бревенчатую хижину или домашний комплект, в котором все
необходимых деталей доставляются к вашей двери для сборки. Это означает, что измельчение, сушка и формовка бревен
— это не процесс, о котором вам нужно беспокоиться,
! Многие компании предлагают комплекты для бревенчатых домов, которые позволят вам создать идеальный загородный дом
всего за несколько недель.

Не готовы к фиксации?

Может быть, бескрайняя дикая местность еще не называет ваше имя,
или, может быть, вы просто переосмысливаете панель журнала все .Все в порядке! Есть много способов привнести деревенскую эстетику
в ваш новый дом. А если
вы только начинаете представлять себе свой новый дом, посетите NewHomeSource
, чтобы увидеть актуальные списки по всей стране.

Fuslogvw.exe (программа просмотра журнала привязки сборки)

  • 8 минут на чтение

В этой статье

Средство просмотра журнала привязки сборок отображает подробные сведения о привязках сборок.Эта информация помогает диагностировать, почему .NET Framework не может найти сборку во время выполнения. Эти сбои обычно являются результатом развертывания сборки в неправильном месте, неправильного образа в машинном коде или несоответствия номеров версий или языков. Неспособность среды CLR найти сборку обычно отображается в приложении как исключение TypeLoadException.

Важно

Вы должны запустить fuslogvw.exe с правами администратора.

Этот инструмент автоматически устанавливается вместе с Visual Studio.Чтобы запустить инструмент, используйте командную строку разработчика для Visual Studio (или командную строку Visual Studio в Windows 7) с учетными данными администратора. Для получения дополнительной информации см. Командные строки.

В командной строке введите следующее:

  fuslogvw
  

Средство просмотра отображает запись для каждой неудачной привязки сборки. Для каждой ошибки средство просмотра описывает приложение, инициировавшее привязку; сборка, для которой выполняется привязка, включая имя, версию, культуру и открытый ключ; а также дату и время отказа.

Для изменения вида расположения журнала

  1. Нажмите кнопку выбора По умолчанию , чтобы просмотреть ошибки привязки для всех типов приложений. По умолчанию записи журнала хранятся в пользовательских каталогах на диске в кэше Wininet.

  2. Нажмите кнопку выбора Custom , чтобы просмотреть сбои привязки в указанном вами настраиваемом каталоге. Вы должны указать настраиваемое расположение, в котором среда выполнения должна хранить журналы, установив в качестве настраиваемого расположения журнала в диалоговом окне Параметры журнала допустимое имя каталога.Этот каталог должен быть чистым и содержать только файлы, созданные средой выполнения. Если он содержит исполняемый файл, который вызывает сбой для регистрации, сбой не будет зарегистрирован, поскольку инструмент пытается создать каталог с тем же именем, что и исполняемый файл. Кроме того, не удастся запустить исполняемый файл из журнала.

    Примечание

    Расположение привязки по умолчанию предпочтительнее настраиваемого расположения привязки. Среда выполнения сохраняет расположение привязки по умолчанию в кеше Wininet и поэтому автоматически очищает его.Если вы укажете настраиваемое место привязки, вы несете ответственность за его очистку.

Для просмотра сведений об определенной неисправности

  1. Выберите имя приложения для нужной записи в средстве просмотра.

  2. Нажмите кнопку Просмотреть журнал . Или вы можете дважды щелкнуть выбранную запись.

    Инструмент отображает следующие сведения о выбранной ошибке привязки:

    • Конкретная причина сбоя привязки, например «файл не найден» или «несоответствие версии».

    • Информация о приложении, инициировавшем привязку, включая его имя, корневой каталог приложения (AppBase) и описание частного пути поиска, если таковой имеется.

    • Идентификатор сборки, которую ищет инструмент.

    • Описание всех примененных политик версии приложения, издателя или администратора.

    • Обнаружена ли сборка в глобальном кэше сборок.

    • Список всех проверяющих URL.

В следующем примере записи журнала показаны подробные сведения о неудачной привязке сборки.

  *** Запись журнала подшивки сборки (05.03.2007, 12:54:20) ***

Операция не удалась.
Результат привязки: hr = 0x80070002. Система не может найти указанный файл.

Менеджер сборки загружается из: C: \ WINNT \ Microsoft.NET \ Framework \ v2.0.50727 \ fusion.dll
Запускается под исполняемым файлом C: \ Program Files \ Microsoft.NET \ FrameworkSDK \ Samples \ Tutorials \ resourcesandlocalization \ graphic \ cs \ graphicfailtest.exe
--- Далее следует подробный журнал ошибок.

=== Информация о состоянии предварительной привязки ===
ЖУРНАЛ: DisplayName = graphicfailtest.resources, Version = 0.0.0.0, Culture = en-US, PublicKeyToken = null
 (Полностью указано)
ЖУРНАЛ: Appbase = C: \ Program Files \ Microsoft.NET \ FrameworkSDK \ Samples \ Tutorials \ resourcesandlocalization \ graphic \ cs \
ЖУРНАЛ: начальный частный путь = NULL
ЖУРНАЛ: динамическая база = NULL
ЖУРНАЛ: Cache Base = NULL
ЖУРНАЛ: AppName = NULL
Вызывающая сборка: graphicfailtest, Version = 0.0.0.0, культура = нейтральная, PublicKeyToken = null.
===

ЖУРНАЛ: обработка DEVPATH.
LOG: DEVPATH не установлен. Переход к обычному связыванию.
ЖУРНАЛ: Политика не применяется к ссылке в настоящее время (частное, настраиваемое, частичное или привязка сборки на основе местоположения).
ЖУРНАЛ: ссылка на пост-политику: graphicfailtest.resources, Version = 0.0.0.0, Culture = en-US, PublicKeyToken = null
ЖУРНАЛ: Попытка загрузки нового файла URL: /// C: / Program Files / Microsoft.NET / FrameworkSDK / Samples / Tutorials / resourcesandlocalization / graphic / cs / graphicfailtest.ресурсы.DLL.
ЖУРНАЛ: Попытка загрузить новый файл URL: /// C: / Program Files / Microsoft.NET / FrameworkSDK / Samples / Tutorials / resourcesandlocalization / graphic / cs / graphicfailtest.resources / graphicfailtest.resources.DLL.
ЖУРНАЛ: Попытка загрузки нового файла URL: /// C: / Program Files / Microsoft.NET / FrameworkSDK / Samples / Tutorials / resourcesandlocalization / graphic / cs / graphicfailtest.resources.EXE.
ЖУРНАЛ: Попытка загрузки нового файла URL: /// C: / Program Files / Microsoft.NET / FrameworkSDK / Samples / Tutorials / resourcesandlocalization / graphic / cs / graphicfailtest.ресурсы / graphicfailtest.resources.EXE.
ЖУРНАЛ: все попытки проверки URL-адресов завершились неудачно.
  

Для удаления отдельной записи из журнала

  1. Выберите запись в средстве просмотра.

  2. Нажмите кнопку Удалить запись .

Для удаления всех записей из журнала

  • Нажмите кнопку Удалить все .

Для обновления пользовательского интерфейса

  • Нажмите кнопку Обновить .Программа просмотра не обнаруживает автоматически новые записи журнала во время работы. Для их отображения необходимо использовать кнопку Обновить .

Для изменения настроек журнала

  • Нажмите кнопку Settings , чтобы открыть диалоговое окно Log Settings .

Для просмотра диалогового окна «О программе»

Связывание журналов для собственных образов

По умолчанию Fuslogvw.exe регистрирует обычные запросы на привязку сборки. Кроме того, вы можете регистрировать привязки сборок для образов в машинном коде, которые были созданы с помощью Ngen.exe (генератор собственных изображений).

Для регистрации привязок сборок для образов в машинном коде
  • В группе Категории журналов нажмите кнопку выбора Изображения в исходном коде .

В следующем журнале показана ошибка, вызванная зависимостью, которая не существовала при создании образа в машинном коде для приложения. Если зависимости во время выполнения отличаются от зависимостей при запуске Ngen.exe, привязка к собственному образу не допускается.

  *** Запись журнала подшивки сборки (08.12.2006, 17:22:07) ***

Операция не удалась.Результат привязки: hr = 0x80070002. Система не может найти указанный файл.

Менеджер сборки загружается из: E: \ Windows \ Microsoft.NET \ Framework64 \ v2.0.50727 \ mscorwks.dll
Запускается под исполняемым файлом E: \ test \ App.exe
--- Далее следует подробный журнал ошибок.

ЖУРНАЛ: начало привязки приложения с собственным изображением, версия = 0.0.0.0, культура = нейтральная, PublicKeyToken = null.
LOG: сборка IL загружена из E: \ test \ App.exe.
ЖУРНАЛ: начать проверку приложения с собственным изображением, версия = 0.0.0.0, культура = нейтральная, PublicKeyToken = null.
ЖУРНАЛ: начать проверку всех зависимостей.ЖУРНАЛ: [Уровень 1] Начать проверку зависимости образа в машинном коде mscorlib, Версия = 2.0.0.0, Культура = нейтральный, PublicKeyToken = b77a5c561934e089.
ЖУРНАЛ: оценка зависимости выполнена успешно.
ЖУРНАЛ: [Уровень 1] Начать проверку зависимости IL b, Версия = 0.0.0.0, Культура = нейтральный, PublicKeyToken = null.
WRN: сборка зависимостей не была найдена во время ngen, но обнаружена во время привязки. Запретить использование этого собственного образа.
WRN: соответствующий образ в машинном коде не найден.
ЖУРНАЛ: не удалось выполнить привязку к сборке собственного образа. Используйте образ IL.
  

В следующем журнале показан сбой привязки образа в машинном коде, который произошел из-за того, что параметры безопасности на компьютере при запуске приложения отличались от настроек безопасности на момент создания образа в машинном коде.

  *** Запись журнала подшивки сборки (08.12.2006, 17:29:09) ***

Операция не удалась.
Результат привязки: hr = 0x80004005. Неизвестная ошибка

Менеджер сборки загружается из: E: \ Windows \ Microsoft.NET \ Framework64 \ v2.0.50727 \ mscorwks.dll
Запускается под исполняемым файлом E: \ test \ Application101622.exe
--- Далее следует подробный журнал ошибок.

ЖУРНАЛ: начало привязки собственного образа Application101622, версия = 0.0.0.0, культура = нейтральная, PublicKeyToken = null.
LOG: сборка IL загружена из E: \ test \ Application101622.исполняемый.
ЖУРНАЛ: начать проверку образа в машинном коде Application101622, версия = 0.0.0.0, культура = нейтральная, PublicKeyToken = null.
ЖУРНАЛ: начать проверку всех зависимостей.
ЖУРНАЛ: [Уровень 1] Начать проверку зависимости образа в машинном коде mscorlib, Версия = 2.0.0.0, Культура = нейтральный, PublicKeyToken = b77a5c561934e089.
ЖУРНАЛ: оценка зависимости выполнена успешно.
ЖУРНАЛ: [Уровень 1] Начать проверку зависимости IL Dependency101622, Версия = 0.0.0.0, Культура = нейтральный, PublicKeyToken = null.
ЖУРНАЛ: оценка зависимости выполнена успешно.
LOG: проверка зависимостей прошла успешно.ЖУРНАЛ: начать загрузку всех зависимостей в контекст загрузки.
ЖУРНАЛ: загрузка зависимостей успешно завершена.
ЖУРНАЛ: привязка к собственному образу выполнена.
Исходный образ содержит правильную информацию о версии.
Попытка использовать собственный образ E: \ Windows \ assembly \ NativeImages_v2.0.50727_64 \ Application101622 \ 1ac7fadabec4f72575d807501e9fdc72 \ Application101622.ni.exe.
Отклонение собственного образа из-за того, что он не прошел проверку безопасности. Разрешения сборки должны быть изменены с момента ее создания или она работает с другим контекстом безопасности.Отказавшись от родного образа.
  

Диалог настроек журнала

Вы можете использовать диалоговое окно Log Settings для выполнения следующих действий.

Чтобы отключить ведение журнала
  • Выберите опцию Журнал отключен . Обратите внимание, что этот параметр выбран по умолчанию.
Для регистрации привязок сборки в исключениях
  • Нажмите кнопку выбора Вход в текст исключения . В тексте исключения регистрируется только наименее подробная информация журнала слияния.Чтобы просмотреть полную информацию, используйте одну из других настроек.

    См. Важное примечание относительно сборок, загружаемых как нейтральные к домену.

Для регистрации сбоев привязки сборки
В журнал все привязки сборки

Важно

Когда сборка загружается как нейтральная к домену, например, путем установки для свойства LoaderOptimization значения LoaderOptimization.MultiDomain или LoaderOptimization.MultiDomainHost, включение ведения журнала в некоторых случаях может привести к утечке памяти.Это может произойти, если в журнал делается запись, когда в домен приложения загружается независимый от домена модуль, а затем домен приложения выгружается. Запись журнала может не быть выпущена до завершения процесса. Некоторые отладчики автоматически включают ведение журнала.

Включение настраиваемого пути к журналу
  1. Выберите опцию Включить пользовательский путь к журналу .

  2. Введите путь в текстовое поле Пользовательский путь к журналу .

Примечание

Средство просмотра журнала привязки сборки (Fuslogvw.exe) использует кеш Internet Explorer (IE) для хранения журнала привязок. Из-за случайного повреждения кэша IE средство просмотра журнала привязки сборки (Fuslogvw.exe) иногда может перестать отображать новые журналы привязки в окне просмотра. В результате этого повреждения инфраструктура привязки .NET (слияние) не может писать или читать из журнала привязки. (Эта проблема не возникает, если вы используете настраиваемый путь к журналу.) Чтобы исправить повреждение и разрешить объединению снова отображать журналы привязки, очистите кеш IE, удалив временные файлы Интернета из диалогового окна IE Internet Options.

Если ваше неуправляемое приложение размещает среду CLR с помощью интерфейсов IHostAssemblyManager и IHostAssemblyStore , записи журнала не могут храниться в кэше wininet. Для просмотра записей журнала для пользовательских хостов, реализующих эти интерфейсы, необходимо указать альтернативный путь журнала.

Чтобы включить ведение журнала для приложений, работающих в контейнере приложений Windows
  1. Включите настраиваемый путь к журналу, как описано в предыдущей процедуре.По умолчанию приложения, работающие в контейнере приложений Windows, имеют ограниченный доступ к жесткому диску. Указанный вами каталог будет иметь доступ для чтения и записи для всех приложений в контейнере приложения.

  2. Установите флажок Включить иммерсивное ведение журнала .

    Примечание

    Этот флажок доступен только в Windows 8 или новее.

См. Также

Учебное пособие по сборке бактериального генома | Ядро вычислительной биологии

Это руководство будет служить примером того, как использовать бесплатные инструменты сборки генома с открытым исходным кодом и вспомогательные инструменты для создания высококачественных сборок данных бактериальных последовательностей.Образец бактерий, используемый в этом руководстве, будет называться просто «Виды», поскольку это данные в реальном времени. Эти данные являются парными, что означает, что есть прямое и обратное чтение, которые мы обозначим как Sample_R1.fastq и Sample_R2.fastq соответственно.

Ссылки для скачивания программного обеспечения:

Sickle
ABySS
SOAPdenovo
SPAdes
QUAST
SSPACE
AlignGraph

Каталог руководств по сборке

 / UCHC / PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial 

Серп: контроль качества сырых считываний

Первый шаг — выполнить контроль качества считываний с помощью серпа.Для запуска программы воспользуемся командой серп . Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, мы указываем это с помощью опции pe . Флаг -f обозначает входной файл, содержащий прямое чтение, -r входной файл, содержащий обратное чтение, -o выходной файл, содержащий обрезанные прямые чтения, -p выходной файл, содержащий обрезанные обратное чтение, а -s — выходной файл, содержащий обрезанные синглы.Флаг -q обозначает минимальное качество, -l минимальную длину чтения, а -t обозначает тип чтения.

 модуль нагрузки серп / 1,33
серп pe -f /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R1.fastq -r /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq -t sanger -o Sample_1.fastq -p Sample_2.fastq -s Sample_s.fastq -q 30 -л 45 

Обрезанные файлы контроля качества находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control , а сценарий для выполнения контроля качества находится в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_QC.ш .

ABySS: ассемблер последовательности de novo

ABySS — первая программа сборки, которую мы будем использовать для сборки наших усеченных считываний. Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, для запуска ассемблера мы будем использовать команду abyss-pe . Мы будем использовать параметры k для размера kmer, name для префикса выходного файла, в для путей к прямому / обратному обрезанному чтению и se для пути к файлу одиночных игр, np для количества процессоров, которое в этом случае должно быть таким же, как количество процессоров, объявленных в заголовке вашего сценария оболочки.

 модуль load abyss / 2.1.4
abyss-pe np = 8 k = 31 name = Sample_Kmer31 in = '/ UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_2.fastq' se = '/ UCHC PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq '
# повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Кмеры, использованные в этом примере, можно рассматривать как отправную точку, чтобы понять, какой кмер лучше всего подойдет для сбора данных. Выходные файлы сборки находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / ABySS , а сценарий для выполнения сборки расположен в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / Sample_assembly.ш . Обратите внимание, что этот сценарий также включает команды сборки для SOAP и SPAdes.

SOAPdenovo: ассемблер последовательности de novo

SOAPdenovo — еще один ассемблер последовательностей de novo. В отличие от других ассемблеров, SOAP использует файл конфигурации для передачи информации о последовательностях в программу. Файл конфигурации показан ниже. Примечательные поля включают средний размер вставки и длину чтения, которые различаются в зависимости от технологии секвенирования, а также q1, q2 и q; пути к прямому, обратному и одиночному обрезанному чтению.

 # максимальная длина чтения
max_rd_len = 250
[LIB]
# средний размер вставки
avg_ins = 550
# если необходимо изменить последовательность
reverse_seq = 0
# в какой части (ах) используются чтения
asm_flags = 3
# использовать только первые 250 бит / с каждого чтения
rd_len_cutoff = 250
# в каком порядке чтения используются при построении лесов
ранг = 1
# обрезка номера пары для надежного соединения (минимум 3 для коротких вставок)
pair_num_cutoff = 3
# минимальная выровненная длина до контигов для надежного места чтения (не менее 32 для короткого размера вставки)
map_len = 32
# путь к генам
q1 = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq
q2 = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_2.fastq
q = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Для запуска ассемблера мы будем использовать команду SOAPdenovo-63mer с опцией all (для выполнения построения графа Кмера, исправления ошибок контигов, сопоставления считываний с контигами и формирования каркасов), -s для пути к файл конфигурации, -K для размера kmer, -o для выходного префикса, 1 для журнала сборки и 2 для ошибок сборки.

 модуль загрузки SOAP-denovo / 2.04
SOAPdenovo-63mer all -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/Sample.config -K 31 -R -o graph_Sample_31 1> ass31.log 2> ass31.err
# повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SOAP.

SPAdes: Ассемблер на основе графов де Брейна

Последний ассемблер, который мы запустим, — SPAdes. SPAdes отличается от других ассемблеров тем, что генерирует окончательную сборку из нескольких kmers.Список kmers автоматически выбирается SPAdes с использованием максимальной длины чтения входных данных, и каждый отдельный kmer участвует в окончательной сборке. Для запуска SPAdes мы будем использовать команду spades.py с опцией --careful для минимизации количества несоответствий в контигах, -o для выходной папки, -1 для пути к прямой чтения, -2 для пути к обратному чтению и -s для пути к одиночному чтению.При желании список кмеров можно указать с помощью флага -k , который переопределит автоматический выбор кмеров.

 модуль загрузки SPAdes / 3.13.0
spades.py --careful -o SPAdes_out -1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_1.fastq -2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_2.fastq -s / UCHC / PublicShare Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes.

QUAST: статистика сборки

Теперь, когда у нас есть несколько сборок, пора проанализировать качество каждой сборки. И ABySS, и SOAPdenovo имеют собственный вывод статистики, но для единообразия мы будем использовать программу QUAST. Наиболее интересная статистика — это количество контигов, общая длина и N50. Хорошая сборка должна иметь небольшое количество контигов, общую длину, приемлемую для данного вида, и высокое значение N50. Чтобы запустить quast для всех наших финальных файлов сборки, мы запустим следующие команды, с единственными используемыми параметрами, являющимися именем файла (ов) сборки и выходным каталогом.

 модуль загрузки quast / 5.0.2
# Статистика ABySS
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/ABySS/Sample_Kmer*-scaffolds.fa -o ABySS 
 # Статистика SOAPdenovo
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SOAP/graph_Sample_*.scafSeq -o SOAP 
 # Статистика SPAdes
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -o SPAdes 

Abyss результатов:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Эшафоты Sample_Kmer31 363 86593 2779506 32.76 14714
Эшафоты Sample_Kmer35 342 86909 2787431 32,75 16801
Эшафоты Sample_Kmer41 330 84960 2794086 32,76 17579

Результаты SOAP:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
graph_Sample_31.scafSeq 276 103125 3574101 32,44 26176
graph_Sample_35.scafSeq 246 86844 3543834 32,46 27766
graph_Sample_41.scafSeq 214 99593 3438095 32,46 36169

SPA Результаты поиска:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
подмости 59 255551 2880184 32.65 147660

Судя по данным, SPAdes работают лучше всех. SPAdes сгенерировал только 59 контигов по сравнению с ~ 200 из SOAP и ~ 300 из ABySS. Кроме того, наибольший размер контига и значения N50 были самыми высокими. Наконец, общее количество пар оснований было наиболее близким к количеству пар оснований в другом штамме этой бактерии, который уже был секвенирован. Мы перейдем к вторичным лесам с этой сборкой, расположенной в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes / scaffolds.fasta .

Выходные данные

QUAST представляют собой папку, содержащую результаты в нескольких форматах в каждом из трех каталогов сборки. Скрипт для запуска QUAST находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/QUAST/Sample_quast.sh .

Стандарт SSPACE

SSPACE — это скрипт, способный расширять и строить предварительно собранные контиги. SSPACE требует файл библиотеки, содержащий пути к парным конечным операциям чтения, средний размер вставки и тип данных.Этот файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Species_library.txt .

Мы запустим SSPACE с помощью команды perl с параметрами -l для библиотеки видов, -s для файла fasta, содержащего собранные скаффолды, -b для выходного префикса и -T для числа ниток.

 модуль нагрузки SSPACE / 3.0
SSPACE_Standard_v3.0.pl -l / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Species_library.txt -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -b SSPACE -T 16 

Выходной файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/Sample_SSPACE.final.scaffolds.fasta . Сценарий для запуска SSPACE находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_sspace.sh .

Затем мы запустим QUAST для этого файла, чтобы сравнить его с предыдущими сборками. На этот раз мы запустим QUAST в командной строке без сценария отправки, так как это только одна строка.

 cd / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / QUAST
загрузка модуля quast / 5.0.2
quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/SSPACE.final.scaffolds.fasta -o SSPACE 

Результаты квеста:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Sample_SSPACE.final.scaffolds 57 255551 2880249 32,65 147660

AlignGraph о близком родстве (разные штаммы видов)

AlignGraph — последний этап в конвейере сборки. Из документации следует, что «AlignGraph — это программное обеспечение, которое расширяет и объединяет контиги или каркасы путем их повторной сборки с помощью эталонного генома близкородственного организма». Используя эталонный геном близкородственного организма, можно улучшить сборку[email protected] /> / p; 2 ~ 4p ‘/UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq> Sample_R2.fasta

Затем мы запустим AlignGraph с помощью команды AlignGraph и параметров --read1 для прямого чтения в формате fasta, --read2 для обратного чтения в формате fasta, --contig для пути к сборку, которую мы перекомпоновываем, и --genome для пути к эталонному геному, который мы используем для перекаффолдинга. Используемый нами геном называется AlignGraph_genome.fasta, опять же для защиты живых данных.

Кроме того, мы должны определить параметры --distanceLow и --distanceHigh . Из документации DistanceLow — это максимальное значение [размер вставки — 1000, размер вставки] и distanceHigh [размер вставки + 1000]. Размер вставки этого набора данных составляет 550, что дает нам distanceLow 550 и distanceHigh 1550. Наконец, мы определяем имена выходных файлов, используя --extendedContigs и --remainingContigs .–RemainingContigs будет содержать окончательную сборку.

загрузка модуля AlignGraph / v1
AlignGraph --read1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta --read2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta_Tutorial / SSAC / PublicShare / Assembly / Assembly / Assembly / /SSPACE.final.scaffolds.fasta --genome /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph_genome.fasta --distanceLow 550 --distanceHigh 1550 --extendedContig Species_extendedContigs.fa --remainingContig Species_remainingContigs.fa 

Выходной файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph/Sample_remainingContigs.fa . Сценарий для запуска AlignGraph находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_aligngraph.

LEAVE A REPLY

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *