Благоустройство маф: О компании — Компания Комплекс Маф

О трендах для МАФов и современном облике улиц – в интервью stroi.mos.ru — Комплекс градостроительной политики и строительства города Москвы

Экологичность стала одной из важнейших тенденций при создании малых архитектурных форм (МАФов), сообщил основатель бюро GAFA Architects Григориос Гавалидис.

«Теперь в качестве игровых элементов могут выступать природные камни, пни, зеленые холмы, насыпи из песка. Мы видим огромное количество деревянной уличной мебели, игрового оборудования. Это здорово», – рассказал Григориос Гавалидис в интервью порталу Стройкомплекса.

Он считает, что архитекторы все чаще отходят от стандартов: в моде – вау-эффект, неожиданность, функциональность и интерактивность. Малые архитектурные формы сегодня стремятся стать арт-объектами и полноценными единицами архитектуры.

Начать просмотр

ВОПРОСЫ   #4

Малые архитектурные формы: что это и зачем нужны Москве?

МАФы, или малые архитектурные формы, – это все, что окружает застройку: скамейки, урны, фонари, велопарковки, клумбы, ограды, указатели, фонтаны, декоративные водоемы, нестационарные торговые павильоны.

Именно они делают городскую среду уютной и комфортной.

Малые архитектурные формы организуют жизнь на территории.

Они дают возможность заняться спортом, зарядить телефон, а в некоторых случаях помогут сориентироваться на местности, потому что, например, арт-объекты могут обозначать знаковые места. МАФы создают комфорт и являются точками притяжения, вокруг которых собираются горожане.

Прежде чем реализовать любой проект благоустройства специалисты изучают образ жизни жителей конкретного района – как они проводят досуг, чего им не хватает для комфортного времяпровождения на улице.

Хорошим примером можно считать качели на Триумфальной площади, которые совсем недавно вошли в набор малых форм урбанистической среды Москвы, но уже стали популярны у горожан. 

Столь же востребованы недавно установленные качели на Новом Арбате. Подобные качели появились в парке усадьбы «Люблино» на юго-востоке Москвы, в Ивановском лесопарке на востоке столицы, в парке «Фруктовый» в Южном округе и в парке Победы Зеленограда.

Еще один интересный пример — разбитый на пустыре в районе Куркино парк «Пальмира» с дождевым садом. Для его создания в низине установили габионы – объемы из сетки, наполненные щебнем. Через них легко проходит вода, которая питает высаженные на склонах влаголюбивые растения. «Пальмира» стала одним из самых посещаемых мест в этом районе.

«Нужно избегать штамповки «удачных объектов» – лавочек из бетона, однообразных фонарей в форме буквы «Г». При этом мы должны помнить и чтить историю места», – добавил Гавалидис.

Подробнее о том, как МАФы могут изменить жить в городе к лучшему – читайте в нашем интервью.

МАФы украсят территории садиков и школ в ТиНАО

Елизавета Бондаренко

2.6. Малые архитектурные формы — жкхпортал.рф

МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ПО РАЗРАБОТКЕ НОРМ И ПРАВИЛ ПО БЛАГОУСТРОЙСТВУ ТЕРРИТОРИЙ МУНИЦИПАЛЬНЫХ ОБРАЗОВАНИЙ (в ред. Приказа Минстроя России от 17.03.2014 № 100/пр)

Раздел 2. ЭЛЕМЕНТЫ БЛАГОУСТРОЙСТВА ТЕРРИТОРИИ
2.6. Малые архитектурные формы

2.6.1. К малым архитектурным формам (МАФ) относятся: элементы монументально-декоративного оформления, устройства для оформления мобильного и вертикального озеленения, водные устройства, городская мебель, коммунально-бытовое и техническое оборудование на территории муниципального образования. При проектировании и выборе малых архитектурных форм рекомендуется пользоваться каталогами сертифицированных изделий. Для зон исторической застройки, городских многофункциональных центров и зон малые архитектурные формы рекомендуется проектировать на основании индивидуальных проектных разработок.

Устройства для оформления озеленения

2.6.2. Для оформления мобильного и вертикального озеленения рекомендуется применять следующие виды устройств: трельяжи, шпалеры, перголы, цветочницы, вазоны. Трельяж и шпалера — легкие деревянные или металлические конструкции в виде решетки для озеленения вьющимися или опирающимися растениями, могут использоваться для организации уголков тихого отдыха, укрытия от солнца, ограждения площадок, технических устройств и сооружений. Пергола — легкое решетчатое сооружение из дерева или металла в виде беседки, галереи или навеса, используется как «зеленый тоннель», переход между площадками или архитектурными объектами. Цветочницы, вазоны — небольшие емкости с растительным грунтом, в которые высаживаются цветочные растения.

Водные устройства

2.6.3. К водным устройствам относятся фонтаны, питьевые фонтанчики, бюветы, родники, декоративные водоемы. Водные устройства выполняют декоративно-эстетическую функцию, улучшают микроклимат, воздушную и акустическую среду. Водные устройства всех видов следует снабжать водосливными трубами, отводящими избыток воды в дренажную сеть и ливневую канализацию.

Мебель муниципального образования

2.6.4. К мебели муниципального образования относятся: различные виды скамей отдыха, размещаемые на территории общественных пространств, рекреаций и дворов; скамей и столов — на площадках для настольных игр, летних кафе и др.
2.6.4.1. Установку скамей рекомендуется предусматривать на твердые виды покрытия или фундамент. В зонах отдыха, лесопарках, детских площадках может допускаться установка скамей на мягкие виды покрытия. При наличии фундамента его части рекомендуется выполнять не выступающими над поверхностью земли. Высоту скамьи для отдыха взрослого человека от уровня покрытия до плоскости сидения рекомендуется принимать в пределах 420 — 480 мм. Поверхности скамьи для отдыха рекомендуется выполнять из дерева, с различными видами водоустойчивой обработки (предпочтительно — пропиткой).

Уличное коммунально-бытовое оборудование

2.6.5. Улично-коммунальное оборудование обычно представлено различными видами мусоросборников — контейнеров и урн. Основными требованиями при выборе того или иного вида коммунально-бытового оборудования могут являться: обеспечение безопасности среды обитания для здоровья человека, экологической безопасности, экономическая целесообразность, технологическая безопасность, удобство пользования, эргономичность, эстетическая привлекательность, сочетание с механизмами, обеспечивающими удаление накопленного мусора.
(п. 2.6.5 в ред. Приказа Минстроя России от 17.03.2014 N 100/пр)
2.6.5.1. Для сбора бытового мусора на улицах, площадях, объектах рекреации рекомендуется применять малогабаритные (малые) контейнеры (менее 0,5 куб. м) и (или) урны, устанавливая их у входов: в объекты торговли и общественного питания, другие учреждения общественного назначения, подземные переходы, жилые дома и сооружения транспорта (вокзалы, станции метрополитена и пригородной электрички). Интервал при расстановке малых контейнеров и урн (без учета обязательной расстановки у вышеперечисленных объектов) может составлять: на основных пешеходных коммуникациях — не более 60 м, других территорий муниципального образования — не более 100 м. На территории объектов рекреации расстановку малых контейнеров и урн следует предусматривать у скамей, некапитальных нестационарных сооружений и уличного технического оборудования, ориентированных на продажу продуктов питания. Кроме того, урны следует устанавливать на остановках общественного транспорта. Во всех случаях следует предусматривать расстановку, не мешающую передвижению пешеходов, проезду инвалидных и детских колясок.

Уличное техническое оборудование

2.6.6. К уличному техническому оборудованию относятся: укрытия таксофонов, почтовые ящики, автоматы по продаже воды и др., торговые палатки, элементы инженерного оборудования (подъемные площадки для инвалидных колясок, смотровые люки, решетки дождеприемных колодцев, вентиляционные шахты подземных коммуникаций, шкафы телефонной связи и т.п.).
2.6.6.1. Установка уличного технического оборудования должна обеспечивать удобный подход к оборудованию и соответствовать разделу 3 СНиП 35-01.
2.6.6.2. При установке таксофонов на территориях общественного, жилого, рекреационного назначения рекомендуется предусматривать их электроосвещение. Места размещения таксофонов рекомендуется проектировать в максимальном приближении от мест присоединения закладных устройств канала (трубы) телефонной канализации и канала (трубы) для электроосвещения. Кроме этого, рекомендуется не менее одного из таксофонов (или одного в каждом ряду) устанавливать на такой высоте, чтобы уровень щели монетоприемника от покрытия составлял 1,3 м; уровень приемного отверстия почтового ящика рекомендуется располагать от уровня покрытия на высоте 1,3 м.
2.6.7. Рекомендуется выполнять оформление элементов инженерного оборудования, не нарушающей уровень благоустройства формируемой среды, ухудшающей условия передвижения, противоречащей техническим условиям, в том числе:
— крышки люков смотровых колодцев, расположенных на территории пешеходных коммуникаций (в т.ч. уличных переходов), следует проектировать, как правило, в одном уровне с покрытием прилегающей поверхности, в ином случае перепад отметок, не превышающий 20 мм, а зазоры между краем люка и покрытием тротуара — не более 15 мм;
— вентиляционные шахты оборудовать решетками.

____________________________________

Малые архитектурные формы — заказать изготовление и установку МАФ

Установка малых архитектурных форм (МАФ)

Малые архитектурные форма (МАФ) органично дополняют сад. Установка таких элементов ландшафтного дизайна предусматривается как для выполнения определенных функций, так и просто для красоты. Но чаще всего монтаж подобных объектов преследует обе указанные цели. Существуют много разновидностей малых архитектурных форм — например, у нас можно заказать установку таких МАФ, как:

• беседки и садовые павильоны;
• ограждения;
• декинги;
• скамьи;
• перголы;
• оборудование детской игровой площадки;
• декоративные скульптуры, фонтаны и т. п.

При заказе услуги по проектированию и монтажу следует учесть многие моменты, такие как удобство, дизайн, материал и т. п., так как объекты должны гармонично вписаться в окружающий ландшафт. В компании «Садовый мир» вы можете заказать проект малых архитектурных форм на своем участке в Нижнем Новгороде и за его пределами. Услуга проектирования, изготовления и установки МАФ предоставляется как отдельно, так и в комплексе с разработкой ландшафтного дизайн-проекта, благоустройством и озеленением. Мы работаем в этой сфере более 15 лет, поэтому предлагаем своим клиентам:

• авторские решения;
• высокое качество их реализации;
• строгое соблюдение сроков;
• внимание к деталям и креативность наших дизайнеров;
• оказываем весь комплекс услуг по благоустройству и озеленении территории.

Есть и другие выгоды сотрудничества с нами. Вы обязательно оцените их по достоинству!

Цена проекта и монтажа малых архитектурных форм напрямую зависит от их сложности и размеров, расценки на установку МАФ также зависят от удаленности участка, необходимости его подготовки и др. Чтобы сделать необходимые расчеты и назвать вам точную стоимость работ, потребуется личная встреча и выезд на объект. Мы готовы направить специалистов на любой адрес в Нижнем Новгороде или Нижегородской области. Договоритесь об удобной вам дате и времени по телефону или электронной почте, которые указаны на сайте. Обращайтесь к нам, и проект МАФ будет разработан быстро и качественно. Малые архитектурные формы станут стильным украшением вашего сада, если вы поручите проектирование и установку специалистам «Садового мира»!

Развитие-МАФ — Игровые комплексы для детей

КОМАНДА

Компания ООО “Развитие” — это команда профессионалов в сфере благоустройства и строительства детских площадок. С нами работают опытные специалисты в области инженерных решений, сферы строительства ДОУ и жилых кварталов, благоустройства их территорий, специалисты по логистике, и внимательные и ответственные менеджеры проектов. Вы можете положиться на наш опыт и профессионализм!

ОБОРУДОВАНИЕ И БЕЗОПАСНОСТЬ

На все детали продукции, которые мы производим сами и те, которые закупаем у поставщиков, мы смотрим всегда в первую очередь через призму безопасности для тех, кто будет пользоваться этим оборудованием. Ведь это в первую очередь дети, играющие на площадках, и очень важно обеспечить безопасность во всех деталях оборудования. Все детали проходят тщательный контроль и соответствуют всем современным ГОСТам.

ГОСТ Р 52167-2012 «Оборудование и покрытия детских игровых площадок. Безопасность конструкции и методы испытаний качелей. Общие требования».

ГОСТ Р 5168-2012 «Оборудование и покрытия детских игровых площадок. Безопасность конструкции и методы испытаний горок. Общие требования».

ГОСТ Р 52169-2012 «Оборудование и покрытия детских игровых площадок. Безопасность конструкции и методы испытаний. Общие требования».

ГОСТ Р 52299-2013 «Оборудование детских игровых площадок. Безопасность конструкции и методы испытаний качалок. Общие требования».

ГОСТ Р 52300-2013 «Оборудование детских игровых площадок. Безопасность конструкции и методы испытаний каруселей. Общие требования».

ГОСТ Р 52301-2013 «Оборудование и покрытия детских игровых площадок. Безопасность при эксплуатации. Общие требования».

ГОСТ Р ЕН 1177-2013 «Покрытия игровых площадок ударопоглощающие. Определение критической высоты падения».

Все наше оборудование обязательно проходит наш контроль качества и способствует безопасному развитию детей во время игры на наших площадках.

ПОДХОД

Наш подход заключается в том, что каждый проект для нас индивидуален и мы готовы решать каждый возникающий в процессе работы с заказчиками вопрос оперативно и удобно для наших клиентов.

Малые архитектурные формы в саду

Это может быть маленький керамический лягушонок, спрятавшийся под листом бадана или красавица-беседка для приема огромного количества гостей. И даже обычный незатейливый заборчик вокруг огорода относится к малым архитектурным формам.

«МАФ» – достаточно широкое понятие, включающее в себя, грубо говоря, все предметы в саду не живого происхождения.

Скульптура под снегом обладает особой декоративностью.

Порой, бродя по старому, заросшему саду, среди ниспадающих зарослей плакучих ив вдоль пруда ты неожиданно находишь маленькую скамейку, такую же старую как сад, с облезшей зеленой краской, ржавыми ножками. И не смотря на все это буйство уже дикой природы вокруг, скамейка выглядит такой уютной, родной, приглашающей отдохнуть и насладиться прекрасным видом на реку.

Это лирика, если же спросить незнающего человека о МАФах в его саду, он может подумать, что речь идет о каких-то физических величинах, вычислять которые нужно с помощью сложнейших форм, измерений и наблюдений. Но все не так сложно как кажется. Позвольте представить вам МАФ — малая архитектурная форма. Термин МАФ – достаточно широкое понятие, включающее в себя, грубо говоря, все предметы в саду не живого происхождения. Это может быть маленький керамический лягушонок, спрятавшийся под листом бадана или красавица беседка для приема огромного количества гостей, и даже обычный незатейливый заборчик вокруг огорода относиться к малым архитектурным формам.

К МАФам относятся: беседки, павильоны, перголы, трельяжи, мостики, фонтаны, ограды, оборудование для детских площадок, оборудование для барбекю, опоры освещения, сами фонари и т.п. Даже обычный камень является малой архитектурной формой при правильной его установке. МАФы можно назвать своего рода опорой сада, постоянным элементом, ведь с нашей ярко выраженной сменой сезонов года, именно МАФы являются главными акцентами сада в безлиственный зимний период.

Использовать МАФы стали с появлением первых садов еще в Древнем Египте. На протяжении всей истории сменялись эпохи, стили, что-то уходило в прошлое, появлялось новое, но МАФы прочно укрепились в садово-парковом строительстве, подстраиваясь под модные течения каждого времени. Развитие стилистики многих садов неразрывно было связано с использованием МАФов и на сегодняшний день невозможно представить, например, сады Японии без их каменных пагод, изогнутых мостиков, фонариков. Или английские парки без их классических павильонов .

Павловский парк.

Объединив все МАФы, можно легко выделить 2 основные группы, которым присуще:

Функциональность

Это основной и самый главный критерий, из-за которого появляются МАФы в садах. Каждый человек, как «потребитель» сада, пытается сделать его максимально комфортным для использования. Отсюда появляются все эти скамейки, навесы, беседки и трельяжи в разных уголках участков. При выборе той или иной вещи человек в первую очередь рассматривает ее с функциональной, практичной стороны. Допустим скамейка — она предназначена для временного отдыха. Анализирую весь предложенный на сегодняшний день ассортимент, любой здравомыслящий человек сразу откинет скамейки из камня (мы ведь не в Италии!), текстильный вариации, и остановится на скамье, где сиденье сделано из дерева. Для нашего умеренного климата это будет оптимальный вариант, так как такая скамейка обеспечивает относительно круглогодичное использование, при этом по своей декоративности она может уступать другим предложенным вариантам.

Трельяжи и перголы связывают или наоборот, изолируют пространство в саду, служат каркасом для вьющихся растений, создают особый колорит в саду.

Деревянные сидения довольно практичны при любых погодных условиях.

Эстетичность

Любой элемент в саду должен гармонировать со всем окружающим пространством, быть его частью, дополнять и подчеркивать характер сада. Малые архитектурные формы не исключение. Можно подразделить еще на 2 типа МАФ: функционал+эстетика и чистая эстетика. И если в первом варианте главенствующая роль выделена функциональным качествам, человек может ради удобства отказаться от своих вкусовых пристрастий, то во втором варианте МАФ появляется в саду как декоративный элемент, служит акцентом, создает настроение. Например, на мой взгляд, эстетика превалирует в каменной скамье в саду с нашей географией, с ее романтичностью и легкой грустью, особенно в дождливую осеннюю пору. Летом же каменная скамья вполне подходит под свое прямое назначение- сидение. Ярким примером МАФ с только декоративными функциями является садовая скульптура, вазоны, цветочницы. Следует особенно тщательно подходить к вопросу выбора декоративных элементов для сада, еще на этапе планировки, чтобы избежать в дальнейшем несоответствия стилей скульптуры и сада.

Бетонные шары на зимнем газоне.

Все садовые конструкции можно разделить на:

Стационарные

Сюда относятся МАФы, имеющие свое определенное постоянное место в саду, не предназначенные к перемещению. В основном это беседки, фонтаны, мостики, ограды и остальные тяжелые и крупные конструкции. При проектировании участка места установки стационарных МАФ ов продумываются в общей концепции благоустройства сада.

Оригинальная деревянная беседка.

Переносные

Многие МАФы могут свободно путешествовать по саду, не причиняя вреда общей идеи и пейзажным картинам сада. В первую очередь это касается малогабаритных легких конструкции: садовой мебели, небольших скульптур, кашпо с цветами. За счет своей мобильности они оказываются особо полезными и функциональными, поэтому многие люди на сегодняшний день отдают предпочтение именно переносным МАФам из современных легких материалов.

Арт-стул – прекрасное практичное дополнение сада.

Материалы для изготовления МАФов могут применяться совершенно различные, от традиционных — дерева, камня и металла, и заканчивая современными пластиками, сплавами, полимерами. Сочетание, комбинирование различных материалов позволяет создавать настоящие шедевры, не только красивые, но и высоко функциональные, которые будут радовать вас своим внешним видом не один год. Главное не стоит забывать золотое правило: все должно быть гармонично и сомасштабно. Сад, выполненный в кантри стиле, с милыми луговыми миксбордерами и видовыми растениями не будет гармоничным с пластиковой футуристичной садовой мебелью, только если изначальная задумка не было построение картины на радикальном контрасте.

Материалом для создания МАФов иногда могут быть растения!

С помощью МАФов можно придать индивидуальность вашему участку, сделать его неповторимым и законченным. Мастерская Василия Журова предлагает услуги по разработке и составлению рабочих чертежей различных малых архитектурных форм. Наши специалисты воплотят ваши задумки в реальность, помогут определиться с идеей и воплотить проект в натуре, создать единую композицию сада.

3D-визуализация проекта открытой беседки.

Малые архитектурные формы в Москве — изготовление малых архитектурных форм по низким ценам

Садовые арки и шпалеры, скульптуры, композиции, вазоны, перголы, различная садовая мебель и другие элементы архитектуры малых форм являются важной частью ландшафтного дизайна. Сочетая в себе практические и эстетические функции, они помогут создать уютные акценты в зонах отдыха и облагородят территорию. ООО «ГринТурф» предлагает изготовление малых архитектурных форм для частных и муниципальных участков (садов, парков, скверов), заводов, крупных объектов (коттеджных поселков).

В числе преимуществ нашей компании — профессиональное оснащение, гибкая ценовая политика и индивидуальный подход к заказам. Благодаря большому опыту работы с различными материалами мы производим качественные изделия декоративного и утилитарного назначения. У нас вы можете заказать малые архитектурные формы для ландшафта:

• по фотографии или изображению прототипа;
• по вашему макету или одному из готовых эскизов наших дизайнеров;
• по индивидуальному дизайн-проекту.

Мы готовы выполнить любой ландшафтный проект по благоустройству. Ответственность и контроль качества на каждом из этапов выполнения работ позволяют нам гарантировать превосходный результат.

Какие существуют категории МАФов?

Малые архитектурные формы по своему назначению подразделяются на две категории: декоративные и утилитарные. К первой относятся скульптуры, искусственные водоемы, фонтаны, вазы, решетки, рокарии и другое; ко второй — указатели, скамейки и лавочки, оградки и ограж­дения, знаки и прочее. Общее между двумя категориями — долговечность, прочность и необходимость соответствия с эстетическими и ландшафтно-архитектурными требованиями, которые предъявляются к объекту озеленения.

При монтаже МАФов следует учесть особенности их эксплуатации. Нужно рассчитать нагрузку на опоры фонарей и функциональных элементов, учесть глубину заложения фун­дамента оград, выбрать подходящие материалы изготовления, способы отделки и многое другое. 

Заказать изготовление малых архитектурных форм в Москве и области

Чтобы заказать производство малых архитектурных форм для муниципальных территорий (садов, парков, скверов), заводов, крупных объектов (коттеджных поселков) и частных участков, свяжитесь с нами по телефону +7(495)021-21-42 или электронной почте [email protected]. Еще один способ проконсультироваться — заполнить форму связи ниже. После обработки вашего письма мы ответим вам.

MAF — что это такое? Когда это делать и как?

Масштабирование массового расхода воздуха — это когда вы настраиваете сигнал от датчика массового расхода воздуха на заданную величину, шкалу и отправляете этот отрегулированный сигнал на ЭБУ двигателя

Например, вы хотите уменьшить сигнал датчика массового расхода воздуха на 10% . Для этого вы должны масштабировать массовый расход воздуха, умножив сигнал датчика массового расхода воздуха на 0,9

Это суть масштабирования MAF и назначение MoviChip MAF Manager

Чтобы добавить уровень сложности, вы можете использовать другую шкалу массового расхода воздуха (MAF), другой множитель, в зависимости от нагрузки на двигатель.

. Кроме того, вы можете масштабировать массовый расход воздуха в зависимости от нагрузки и числа оборотов в минуту. Но это , расширяющее определение «масштабирование». Изменение сигнала массового расхода воздуха в зависимости от нагрузки и числа оборотов больше похоже на перенастройку двигателя, чем на простое изменение масштаба сигнала датчика массового расхода воздуха.

Зачем вам нужно масштабировать датчик массового расхода воздуха?

Два примера

Форсунки большего размера. Например. Вы устанавливаете форсунки на 10% больше, масштабируйте сигнал массового расхода воздуха на 0.9 для уменьшения топливного сигнала на 10%.

Датчик массового расхода воздуха большего размера. Например. Вы переходите от датчика массового расхода воздуха 65 мм к датчику 80 мм. Увеличение площади трубки на 50%, масштабирование сигнала массового расхода воздуха в 1,5 раза для поддержания такого же напряжения на ECU

Как масштабировать датчик массового расхода воздуха?

Вам нужны две вещи

1. Устройство для изменения сигнала массового расхода воздуха

2. широкополосный лямбда-зонд, позволяющий контролировать соотношение воздух-топливо

Масштабирующие устройства MAF

APEXi AFC NEO / SAFC

Это продукт, который мы использовали уже много лет.Продукт дает большую гибкость, но, по нашему мнению, мы обнаружили, что продукт излишне сложен, учитывая то, что он делал, например, масштабирование MAF

С помощью этого продукта вы масштабируете сигнал массового расхода воздуха в соответствии с TPS (датчик положения дроссельной заслонки) и частотой вращения

У нас проблема с использованием TPS. Во-первых, наконечник в обогащении использует сигнал TPS, а также сигнал 50% TPS при 2000 об / мин и сигнал 50% TPS при 5000 об / мин означает совершенно разные вещи, в частности, нагрузка на двигатель полностью отличается в этих двух сценариях.

Настройка с помощью числа оборотов в минуту, как мы обнаружили, не нужна, то есть наши показатели масштабирования массового расхода воздуха во всем диапазоне оборотов были аналогичными. Преимущество APEXi AFC NEO за счет регулировки числа оборотов в минуту заключается в том, что вы можете настраиваться на большие изменения в VE (Volumetric Efficiency), но, по нашему мнению, когда вы вносите большие изменения в VE, вам также понадобится для решения момент зажигания , который APEXi AFC NEO не обрабатывает. Короче говоря, масштабирование MAF само по себе не подходит / достаточно , когда вы вносите большие изменения в двигатель.

Масштабирование MAF — мощный инструмент, но у него есть свои ограничения.

MoviChip ATF

Мы создали и спроектировали этот продукт, используя уроки, полученные при использовании APEXi AFC NEO.

Как я уже писал выше, масштабирование MAF само по себе имеет свои пределы, и мы не пытаемся превратить масштабирование MAF во что-то, чем оно не является.

Наш продукт занимается исключительно масштабированием MAF в зависимости от нагрузки.

Улучшения по сравнению с APEXi AFC NEO / SAFC

Мы масштабируем сигнал массового расхода воздуха в соответствии с нагрузкой, т. Е. Сигнал датчика MAP, который, по нашему мнению, превосходит TPS, поскольку нагрузка есть нагрузка, независимо от числа оборотов в минуту, в отличие от сигнала TPS

Мы не масштабируем MAF в соответствии с числом оборотов в минуту, потому что мы считаем, что если вам это нужно, вашему двигателю потребуется более фундаментальная перенастройка, а не просто масштабирование сигнала MAF.

Например, если вы меняете распредвалы, чтобы получить от них максимальную мощность, вам необходимо обратить внимание на продукт, который также может регулировать угол опережения зажигания, а не только заправку. Вы можете использовать только масштабирование MAF, но вы оставите питание на столе.

Масштабирование массового расхода воздуха (MAF), как я подробно описал выше, следует использовать только для учета изменений массового расхода воздуха или только заправки, т. Е. Другого датчика массового расхода воздуха, другого размера инжектора, небольших изменений в дыхании и т. Масштабирование

MAF предназначено для масштабирования MAF, а не более того.

Чтобы купить MoviChip ATF, получить дополнительную информацию о ATF и увидеть его в действии, щелкните здесь

Не знаете, как сделать заказ? Нажмите здесь

Продолжить чтение

MAF Международный | Домашняя страница

Mission Aviation Fellowship — международная христианская организация, миссия которой летать на легких самолетах и ​​использовать другие технологии, чтобы принести помощь и надежду люди в некоторых из беднейших общин мира.Каждые четыре минуты самолет MAF отправляется взлет или посадка где-нибудь в мире для помощи миссиям, церквям, помощи и агентства по развитию и другие местные группы, чтобы изменить жизнь и поделиться любовью Бога

В этом коротком документальном фильме рассказывается, как с вашей помощью мы продолжаем служение, которое начали тогда, преодолевая барьеры изоляции, чтобы «летать ради жизни» в самый полный смысл этого термина.

За наши семьдесят пять лет обслуживания удаленных сообществ в дальних уголках мира мы никогда не видели ничего, что так сильно повлияло бы на весь мир в экономическом и социальном плане, как COVID-19.Наша работа была ограничена из-за ограничений во многих странах. В некоторых странах мы работали почти как обычно, в других мы ограничились предоставлением нескольких рейсов, чтобы помочь правительству в его борьбе с COVID-19.

Чтобы заботиться о безопасности наших сотрудников, партнеров и изолированных сообществ, которые мы обслуживаем, мы модифицировали наши воздушные суда, обучили наземный персонал методам очистки воздушных судов и ввели новые процедуры для пассажиров.

Наши сердца и умы постоянно сосредоточены на изолированных людях, которые живут в самых отдаленных местах, где мы работаем.Буквально десяткам тысяч человек не были предоставлены предметы первой необходимости для удовлетворения их физических и духовных потребностей. Готовясь снова служить их деревням, мы ожидаем, что столкнемся с нехваткой продовольствия, оставленными без внимания медицинскими потребностями, обострением проблем с образованием и духовным голодом.

Мы готовы удовлетворить эти возросшие потребности после снятия ограничений на передвижение в странах, где мы работаем. Мы приглашаем вас сотрудничать с нами посредством вашей молитвы и финансовой поддержки, чтобы не забыть изолированные сообщества.

IMPUTE2

IMPUTE2

IMPUTE версии 2 (также известный как IMPUTE2 ) — это программа вменения генотипа и фазирования гаплотипа, основанная на идеях из Howie et al. 2009:

Б. Н. Хауи, П. Доннелли и Дж. Маркини (2009) A гибкий и точный метод вменения генотипа для следующего генерация полногеномных ассоциативных исследований . PLoS Genetics 5 (6): e1000529 [Открыть Доступ к статье] [Дополнительная Материал]

IMPUTE2 также включает функции, представленные в другие публикации, которые вы можете найти здесь.

На рисунке ниже показан наиболее распространенный сценарий, в котором используется вменение: ненаблюдаемые генотипы (красные вопросительные знаки) в набор испытуемых рассчитывается (или прогнозируется) с использованием набор эталонных гаплотипов и генотипов из чипа SNP.

Начало работы

IMPUTE2 — компьютерная программа для фазирования наблюдаемого генотипы и вменение отсутствующих генотипов. Большинство людей используют только пара основных функций программы, но мы также построили до коллекции специализированных и мощных опций. Если ты новый для IMPUTE2 , или действительно для фазирования и вменения в В общем, мы предлагаем вам начать с изучения основ.

Вам следует начать с загрузки программы отсюда. Вам нужно будет выбрать ссылку, соответствующую вашим вычислениям. платформу, а затем следуйте инструкциям по открытию скачать пакет.

Как только вы это сделаете, вы будете готовы попробовать какой-нибудь пример анализирует тестовые данные, предоставленные при загрузке. Раздел Примеры показывает, как использовать наиболее распространенные функции IMPUTE2 . Мы Предлагаем вам проработать эти примеры и попытаться понять, что делают элементы каждой команды.если ты чего-то не понимаю или хотел бы знать, если программа может выполнять функцию, которой нет в списке, вы можете прочитать наш FAQ или отправьте вопрос на нашу почту список.

Когда вы изучите основные функции программы, вы можете использовать несколько функций этого веб-сайта, чтобы подготовить свой собственный анализ:

Что нового?

Новая версия (23 декабря 2014 г.)

Мы только что выпустили IMPUTE v2.3.2. Эта версия является очень незначительное обновление, чтобы добавить дополнительные столбцы, сообщающие о двух аллели для каждого вмененного варианта в информационные файлы.

Новый выпуск (16 июня 2014 г.)

Мы только что выпустили IMPUTE v2.3.1. Эта версия исправляет ошибка в объединении панелей функциональность, которая вызвала варианты, увиденные в одном из двух эталонные панели, которым вменяется фиксированный аллель (не аллель на панели 0, реф аллель на панели 1).Если вы использовали эти параметры, то мы рекомендуем повторно запустить ваш вменение.

Кроме того, мы выпустили новую версию 1000 Genomes Гаплотипы фазы 1. Это обновленный версия гаплотипов, выпущенная 9 декабря 2013 года. не решила полностью проблему переворота прядей с помощью предыдущий выпуск (см. ниже) и еще 199 SNP, необходимых для быть исправленным в этом новом выпуске.

Новые гаплотипы доступны здесь.

Новая версия (9.12.2013)

Мы выпустили новую версию 1000 Genomes Phase 1 гаплотипы. Это обновленный версия гаплотипов, выпущенная 16 сентября 2013 года. Была небольшая проблема с цепочкой данных Illumina OMNI, которые мы использовали в качестве строительные леса. 730 SNP в геноме не были выровнены по + нить ссылки на геном человека. Это не влияет на фазирование гаплотипов, но влияет на последующие вменения, особенно если эти SNP были генотипированы напрямую в исследовании вменяется.Новых гаплотипов не было. перенаправлен. Мы только что поменяли нить затронутого 730 SNP.

Новые гаплотипы доступны здесь.

Новая версия (16 сен 2013)

Мы выпустили новую версию 1000 Genomes Phase 1 гаплотипы. В гаплотипы были фазированы с использованием новой версии SHAPEIT2 который может обрабатывать вероятность генотипа и доступные генотипы из микрочипов на тех же образцах.Использование набора проверки генотипы по SNP и двуаллельные индели, которые нам удалось показывают, что эти гаплотипы имеют меньшее рассогласование генотипов и улучшенная производительность импутации в последующих выборках GWAS, особенно в низкочастотных вариантах.

Новые гаплотипы доступны здесь.

Новая версия программного обеспечения (4 января 2013 г.)

Мы только что выпустили IMPUTE v2.3.0 , который включает ряд новых функций и исправления мелких ошибок.Одна ценная новинка функция — это простой и надежный подход к слиянию справочные панели; например, легко объединить 1000 Гаплотипы геномов с популяционно-специфическими последовательностями зафиксируйте силу обоих эталонных наборов. У нас также есть письменная подробная документация для согласования таблицы, напечатанные в конце большинства прогонов IMPUTE2 .

Документ о «предварительном» исследовании генотипов для более быстрого вменения

Недавно мы опубликовали статью под названием «Fast и точное вменение генотипа в общегеномной ассоциации исследования через предварительную фазу »в Nature Genetics .В этом документе описывается стратегия («предварительная фаза») для эффективного вменение генотипа с помощью больших справочных панелей. За счет уменьшения вычислительная нагрузка по вменению, предварительная фазировка делает исследования, основанные на вменении, выполнимые для групп с ограниченным вычислительной мощности, а также упрощает повторный расчет существующие наборы данных GWAS в качестве более информативных справочных панелей становятся доступными. Вы можете узнать больше о предварительной фазировке с IMPUTE2 Вот.

Контрольная панель фазы I последней 1000 геномов

В марте 2012 года Проект «1000 геномов» выпустил мощный справочная панель, известная как «Фаза I, версия 3». В В августе 2012 г. мы изменили эту панель, исключив варианты с только одна копия минорного аллеля (синглтоны) из всех 1092 лиц. Одноэлементные варианты трудно приписать, но они составляют ~ 20% от всех вариантов в справочной панели; их удаление ускоряет вменение без ущерба для власти для сопоставления ассоциаций.Вы можете скачать либо оригинальный справочная панель или модифицированная версия (помечена «macGT1» для «количества минорных аллелей больше единицы») здесь.

Документ о стратегиях вменения для разных по предкам эталонные панели

Мы опубликовали статью «Генотип вменение тысяч геномов »в открытом доступе журнал G3: Гены, Геномы, генетика . В этом документе описывается наша стратегия для достижения высокой точности с исконно разнообразными ссылками панели, особенно в низкочастотных вариантах и ​​в смешанных когорты исследования: мы предлагаем космополитический набор рекомендаций гаплотипы к IMPUTE2 , которые могут автоматически найти наиболее полезные для каждого изучающего человека с помощью параметр настройки -k_hap .Вы можно узнать больше о результатах, поддерживающих эту стратегию в статью, а также даем практические советы по применению это здесь.

Предварительная синхронизация с SHAPEIT

IMPUTE2 — предварительная фазировка подход теперь работает с поэтапными гаплотипами из SHAPEIT , высоко точный алгоритм фазирования, который может обрабатывать смеси несвязанные, дуэты и трио. Подробности доступны здесь. Мы настоятельно рекомендуем использовать SHAPEIT для определения гаплотипы, лежащие в основе ваших исследуемых генотипов, затем передавая эти на IMPUTE2 для вменения, как показано на втором этапе этот пример.

Скачать IMPUTE2

IMPUTE2 свободно доступен для академического использования. Увидеть правила для неакадемического использования, пожалуйста, прочтите ЛИЦЕНЗИЮ файл, который прилагается к каждой загрузке программного обеспечения.

Предварительно скомпилированные IMPUTE2 двоичные файлы и файлы примеров могут быть скачал по ссылкам ниже. Для машин Linux динамический двоичные файлы меньше, но могут не работать на некоторых машинах из-за проблемы совместимости библиотеки gcc; если динамическая версия не работает для вас, попробуйте статическую версию.Если у тебя есть проблемы с тем, чтобы программа работала на вашем компьютере, или хотите запросить исполняемый файл для платформы, не показанной здесь, пожалуйста, отправьте сообщение на нашу почту список.

Последняя версия программного обеспечения: v2.3.1 . Мы поддерживаем только самая последняя версия.

Чтобы распаковать файлы на компьютере Linux, используйте команду типа это:

tar -zxvf impute_v2.X.Y_i386.tgz

(Другие программы распаковки файлов доступны не для Linux компьютеры.) Это создаст каталог с тем же именем, что и загруженный файл без суффикса .tgz. Внутри этого каталога вы найдете исполняемый файл с именем impute2 , файл LICENSE и каталог Example / , содержащий пример Дата файлы. Показываем, как проводить различные виды анализов с файлами примеров здесь.

Загрузить справочные данные

IMPUTE2 может использовать общедоступные справочные наборы данных, такие как гаплотипы из крупных проектов секвенирования, а также настраиваемые справочные панели, такие как генотипы SNP из картографическое исследование.Если вы хотите скачать общедоступный набор данных, просто нажмите на соответствующую ссылку ниже, и вы на страницу с справочной информацией и вариантами загрузки для этот набор данных.

Использование многопопуляционных справочных панелей

Обзор

Ресурсы генетических вариаций человека, подобные тем, которые производятся HapMap 3 и проект «1000 геномов» охватывают широкий поперечный разрез генетического разнообразия человека: подробные вариации данные теперь собраны из различных выборок местоположения в Африке, Азии, Европе и Америке.Большой проекты по секвенированию активно расширяют эти наборы данных до включить дополнительные популяции и более глубокую выборку в населения. Эти общедоступные базы данных предоставляют мощный справочник панели для исследований вменения генотипа.

В этом контексте один важный вопрос — как выбрать справочная панель, которая обеспечит высокую точность вменения в интересующее население. Ответ редко бывает очевидным, потому что человеческое население пережило сложную демографическую историю со многими событиями миграции и смешивания.Следовательно, это может быть трудно решить, какие эталонные гаплотипы следует использовать в конкретное исследование.

Мы предложили простое и универсальное решение этой проблемы. проблема: мы предоставляем все доступные референсные гаплотипы на IMPUTE2 , затем позвольте программе выбрать «индивидуальную» справочную панель для каждого лицо, подлежащее вменению. У этого есть несколько преимуществ подход:

• Следователям не нужно терять время решение, какие гаплотипы включить в контрольную панель.Хорошие результаты можно получить в любой исследуемой популяции, настроив один программный параметр ( -k_hap ) с помощью простого практического правила; Подробности смотрите ниже.
• Эта стратегия работает в различных человеческие популяции. Наша группа и другие использовали этот подход к успешному вменению совокупностей от гомогенные изоляты до недавних и сложных примесей.
• IMPUTE2 часто точнее с наследственно инклюзивной справочной панелью, чем с панель меньшего размера выбрана интуицией.Это потому что особи из «расходящихся» популяций могут по-прежнему иметь геномные сегменты недавнего общего предка и IMPUTE2 может использовать этот общий гаплотип для повышения точности. На в то же время программа может игнорировать гаплотипы, которые не полезно.

  Преимущества использования инклюзивных справочных панелей огромны при низкочастотных вариантах (MAF <5%), так как эти варианты могут быть плохо представлены в справочной панели из интересующая популяция (из-за эффектов выборки), но хорошо представлены на панели из другой популяции (например,грамм., из-за генетического дрейфа).

• IMPUTE2 может эффективно обрабатывать большие справочные панели. Вы можете беспокоиться, что использование все доступные референсные гаплотипы значительно увеличили бы вычислительное бремя вменения, но IMPUTE2 использует приближение, ограничивающее стоимость добавления ссылки гаплотипы при сохранении (или повышении) точности.

Практические советы

Есть несколько настроек программы, о которых вам следует знать. при использовании IMPUTE2 с исходно различающейся ссылкой панель:

• -k_hap �Это Параметр определяет, сколько эталонных гаплотипов будет использоваться в «настраиваемой» справочной панели для каждого исследования индивидуальный.Значение по умолчанию — 500 , что является хорошей отправной точкой для современных наборов справочных данных.

  Как правило, вы должны установить -k_hap на количество ссылочные гаплотипы, которые, по вашему мнению, будут полезны для вашего исследование населения. Например, предположим, что вы импортирование набора данных на испанском языке из справочной панели, содержащей 400 западноевропейских гаплотипов и 400 афроамериканцев гаплотипы. В этом случае вы можете добиться высокой точности, выход -k_hap по умолчанию 500, поскольку в любой части генома ожидаемое количество референсных гаплотипов с европейскими родословная примерно 400 + 0.2 * (400) = 480 . (Этот расчет предполагает, что в среднем афроамериканские гаплотипы имеют 20% Европейское происхождение.)

  Точность вменения не очень чувствительна к -k_hap , который вот почему это практическое правило обычно дает хорошие результаты без необходимости детальной настройки параметров. Если хочешь совет по наилучшей цене для вашего набора данных, отправьте сообщение на нашу почту список.

• -Не �Это параметр контролирует эффективный размер популяции в популяционно-генетическая модель, использованная IMPUTE2 .Разные человеческие популяции имеют разные эффективные размеры (по оценкам от уровней генетического разнообразия), поэтому неясно, как выбрать сингл -Ne значение при использовании контрольной панели для нескольких групп населения.

  К счастью, мы обнаружили, что IMPUTE2 достигает высокого точность в широком диапазоне от до значения с немного большей точностью при больших значениях. Поэтому мы рекомендуем универсальное значение -Ne 20000 , независимо вменяемой исследуемой популяции или состав справочная панель.Это станет значением по умолчанию в нашем следующий выпуск программного обеспечения (v2.1.3), а пока вы должны установить его вручную.

• -int �Это опция командной строки определяет границы региона, быть вмененным в текущую хромосому, используя два числа. За например, «-int 1 5e6 « сообщает IMPUTE2 пользователю проанализировать физические позиции 1-5000000.

  Интервал вменения не должен быть слишком большим, потому что это ослабляет приближение IMPUTE2 для выбора пользовательского справочные панели, основанные на предположении об ограниченном рекомбинация в анализируемой области. Теоретически это может быть желательно адаптировать размер интервала к численность населения, например, для использования более коротких интервалов в Африканское население, но на практике мы обнаружили, что точный размер интервала мало влияет на вменение точность, пока интервал относительно мал (скажем, <10 Мб).Поэтому мы рекомендуют выбирать размер интервала анализа для удобства вычислений, без учета происхождение исследования или базовых наборов данных.

Как это работает?

Как объяснялось выше, мы считаем, что лучше всего использовать IMPUTE2 с современными справочными панелями — предоставить все доступные гаплотипы в программу и пусть она сама выбирает, какие из них использовать. Здесь мы объясняем, как работает этот подход.

IMPUTE2 не использует метки населения или другие общегеномные меры родства между людьми, либо для эталонных гаплотипов или приписываемых лиц. Вместо этого он ищет эталонные гаплотипы с высокими идентичность последовательности с гаплотипами конкретного исследования индивидуальный. Эти гаплотипы составляют «заказную» ссылку. панель, которую можно использовать для вменения отсутствующих генотипов в лицо, представляющее интерес.

Этот процесс в значительной степени нечувствителен к наследственному состав справочной панели: до тех пор, пока панель содержит гаплотипы, которые разделяют сегменты недавних общих происхождение от людей в исследовании, IMPUTE2 может найти общие сегменты и использовать их для вменения отсутствующих аллелей. Следовательно, справочная панель не должны быть ограничены гаплотипами, которые «соответствуют» родословной лиц, участвующих в исследовании, могут также включать другие видов гаплотипов:

• Недавно смешанные гаплотипы� Если две или более разных популяции смешивались в прошлом несколько сотен лет в результате смешанное население может содержат некоторые сегменты гаплотипа, которые тесно связаны с интересующее население и другие сегменты, которые расходились. IMPUTE2 может определить полезные сегменты игнорируя расходящиеся сегменты, тем самым достигая точное вменение.
• Умеренно расходящиеся гаплотипы� Даже если набор референсных гаплотипов происходит от другого численность населения, чем та, которую вы хотите вменить, предоставить сегменты недавнего происхождения, которые могут помочь вменение. Распространенность таких сегментов — сложная функция размера контрольной панели и истории популяции, но по нашему опыту, часто бывает удивительно много обмен предками между генетически разными популяциями.
• Сильно расходящиеся гаплотипы. гаплотипы, которые сильно отличаются от исследуемой популяции вряд ли будут полезны для вменения, но такие гаплотипы легко идентифицируются и игнорируются с помощью IMPUTE2 . В другом слова, сильно расходящиеся эталонные гаплотипы не помогают и не повредит точность вменения. Это важно, потому что различия между «умеренно» и «сильно» расходятся популяции не всегда ясны; так как это не повредит включать бесполезные справочные гаплотипы, мы можем ошибиться на стороне включения слишком большого количества, чтобы захватить больше умеренно расходящиеся, улучшающие точность вменения.

Опытные пользователи заметят, что модель, лежащая в основе IMPUTE2 формально разработан для представления генетической изменчивости в одном численность населения. Это может означать, что у метода будут проблемы использование контрольных панелей, включающих популяции с разными паттерны неравновесия по сцеплению, уровни нуклеотидного разнообразия, и частотные спектры аллелей. Однако мы обнаружили, что IMPUTE2 чрезвычайно адаптируем: он может находить сегменты общей родословной в многопользовательских контрольных панелях, несмотря на простую модель человеческое население, и в значительной степени устойчиво к изменениям в параметры модели.Теоретически точность вменения может быть улучшено за счет более детального моделирования отношений населения (например, метки населения, которые IMPUTE2 игнорируют иногда может быть информативным), но мы считаем, что наш подход охватывает большую часть потенциальной точности в эффективном путь.

Опубликованные результаты

Мы опубликовали нашу работу, подтверждающую эти идеи, в статье называется «Генотип вменение тысяч геномов »в открытом доступе журнал G3: Гены, Геномы, генетика .Пожалуйста, процитируйте это бумага и оригинал IMPUTE2 бумага при использовании IMPUTE2 с эталонными панелями из нескольких групп населения, такими как из 1000 Геномный проект.

Примеры

В этом разделе представлены несколько примеров команд, иллюстрирующих типовые области применения IMPUTE2 . Все файлы данных используемые в этих командах, включены в каталог Example / , который поставляется с загрузка программного обеспечения.Вы должны запускать команды из основного каталог загрузки (то есть тот, который содержит исполняемый файл impute2 ). Подробно объяснения приведены по каждой ссылке ниже.

Как использовать примеры команд

Все файлы данных в приведенных ниже примерах команд являются включены в Пример / каталог, который поставляется с загрузкой программного обеспечения IMPUTE2 . Вы должны запустить команду из основного каталога загрузки, который содержит условное значение2 исполняемый файл.Например, если вы только что загрузили программное обеспечение пакет с именем impute_v2.X.Y_i386.tgz и распаковал в соответствии с указаниями здесь, вы можете перейти в соответствующий каталог, набрав « cd impute_v2.X.Y_i386 / » на командная строка.

Как только вы найдете правильный каталог, вы сможете запустите пример команды, введя ее в стиле Unix окно терминала. В зависимости от настроек вашего компьютера, это может быть так же просто, как выделение текста команды в вашем веб-браузер, используя браузер Копия команду, а затем с помощью команды Вставить в окне терминала.(Затем вам может потребоваться нажать , введите для начала бега.)

Обратите внимание, что большинство строк в примере команды заканчиваются символом « \ ». На самом деле это не часть команды; это просто сокращенное обозначение, которое означает «сохранить чтение следующей строки как часть одной команды. «Мы используем это обозначение, чтобы разделить команду на несколько строк, чтобы легче читать. Это допустимый способ ввода команд в Окно терминала в стиле Unix, но было бы эквивалентно поставить все аргументы в одной строке, разделенные пробелами.

Необязательно запускать IMPUTE2 точно так же, как в пример. Некоторые из приведенных здесь аргументов необязательны, и есть много других опций, которые можно добавить, чтобы изменить поведение программы. Чтобы увидеть полный список доступных опций, глянь сюда.

Большинство приведенных ниже примеров включают строку « -int 20.4e6 20.5e6 », которая сообщает программе, что нужно выдавать результаты для области размером 100 КБ (позиции 20 400 000-20 500 000 ) на одной хромосоме. IMPUTE2 предполагает, что есть только одна хромосома на входной файл, и что все входные файлы в одиночные пробеги происходят из одной хромосомы. Применение программы к гораздо большему региону, скажем, целая хромосома или целая геном … требует выполнения множества таких работ с разными значениями -int параметр, обычно параллельно на вычислительном кластере. Для большего Подробнее о том, как это сделать, смотрите здесь.

Импутация с одной фазированной эталонной панелью

Это наиболее распространенный сценарий вменения генотипа: мы хотим для вменения нетипизированных SNP в набор данных исследования из панели справочные гаплотипы.

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./impute2 \
-м ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.legend \
-g ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20,5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.one.phased.impute2

Комментарии

• Здесь мы использовали -strand_g возможность предоставить программе файл прядей. Этот файл сообщает IMPUTE2 , как выровнять аллель, кодирующий между исследованные генотипы ( -g файл) и эталонных гаплотипов ( -h и -l файлов). Вы всегда должны выравнивать кодировки аллелей по ваши входные наборы данных либо перед запуском IMPUTE2 или во время пробежки с опциями, описанными здесь.
• Эта команда вызывает стандартный алгоритм MCMC, используемый IMPUTE2 , который обычно дает точные результаты в разумных пределах времени. Другой способ запустить такой анализ — использовать наша предварительная подготовка подход, который сокращает время работы на порядков за счет небольшого снижения условных расчетов точность. Чтобы увидеть, как запустить этот пример с предварительной фазой, кликните сюда.

Импутация с одной фазированной эталонной панелью (предварительная фазировка)

Это наиболее распространенный сценарий вменения генотипа: мы хотим использовать панель эталонных гаплотипов для вменения SNP, которые были не набран в исследовании. Здесь мы покажем, как выполнить эту задачу с помощью предварительная фазировка, этот подход ускоряет процесс вменения за счет разделение его на два этапа: (i) статистическая фаза исследования генотипы; (ii) вменять из контрольной панели в предполагаемое исследование гаплотипов.

Следующие команды показывают, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

Шаг 1: Предварительная фаза

./impute2 \
-prephase_g \
-m ./Example/example.chr22.map \
-g ./Example/example.chr22.study.gens \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.prephasing.impute2

Шаг 2: Вложение в предварительно фазированные гаплотипы

./impute2 \
-use_prephased_g \
-m ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.legend \
-known_haps_g ./Example/example.chr22.prephasing.impute2_haps \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20,5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.one.phased.impute2
-фазный

Комментарии

• Предварительная фазировка — полезный метод для ускорения расчетный запуск, но это даже более полезно, если вы хотите вменять единый набор данных исследования из разных справочных панелей (например, последовательные обновления выпущенных эталонных гаплотипов Проектом 1,000 Genomes Project). В этой ситуации вы можете выполните этап предварительной фазы только один раз и сохраните расчетную гаплотипы; затем вы можете использовать те же гаплотипы исследования для выполнить шаг вменения с каждой новой контрольной панелью.
• Если вы используете IMPUTE2 как для предварительной и последующее вменение, важно использовать то же значения -int параметр на обоих этапах.
• Модель -prephase_g флаг активирует несколько функций, которые необходимы для предварительная фазировка. Во-первых, он сообщает программе оценить и распечатать поэтапные гаплотипы на SNP, включенных в файл -g ; гаплотипы будут записаны в файл с именем «[-o] _haps» , где [-o] — имя, указанное для основного выходного файла.Эти гаплотипы будет включать SNP в буферных областях, которые фланкируют основные регион, указанный через -int . Распространение гаплотипов на буферные области помогает предотвратить краевые эффекты в последующих расчетах.
• Можно включить справочную панель в шаг предварительной фазы, и это может улучшить качество фазировки. Глянь сюда для примера такого анализа (обратите внимание, что связанный в примере отсутствует -prephase_g флаг).Для ускорения предварительной фазы в этом сценарии программа не будет вменять варианты только для справки, если -prephase_g активен, хотя вы можете отменить это поведение с помощью -os вариант.
• Вы ​​можете использовать -strand_g вариант в предварительном или последующем исчислении step, но вы не должны использовать его в обоих. Выравнивание прядей обычно не требуется, когда вы просто хотите для фазирования набора данных, но важно, когда этот набор данных будет быть объединенным со справочной панелью в последующем анализе, как в этом случае.
• Обратите внимание, что файл, поставляемый на -known_haps_g аргумент на этапе вменения — это предполагаемые гаплотипы файл с этапа предварительной фазы ( «[-o] _haps» ). Также обратите внимание, что -use_prephased_g флаг должен быть предоставлен при вменении в предварительно гаплотипы.
• Вариант — фазы в Step 2 выше создает файл, содержащий гаплотипы в вмененные и генотипированные сайты.В этом примере файл будет называться example.chr22.one.phased.impute2_haps
• Вменение на основе предварительной фазы на хромосоме X также возможный. Единственное, что вам нужно сделать иначе, — это убедитесь, что вы предоставили образец файла для своих данных, используя -sample_g вариант (таким образом, IMPUTE2 знает, какие люди являются мужчинами и которые являются женскими), и используйте -chrX флаг и убедитесь, что ваши мужские гаплоидные генотипы закодированы в соответствии с описанным форматом файла.Если вы используете SHAPEIT2 для шаг фазы, то это программное обеспечение также имеет варианты хромосома X. Ниже приведен пример того, как проводить вменение на основе предварительной фазы хромосомы X
  

Шаг 1: Предварительная фаза хромосомы X

./impute2 \
-prephase_g \
-chrX \
-m ./Example/chrX/example.chrX.map \ -g ./Example/chrX/example.chrX.study.gen \
-sample_g ./Example/chrX/example.chrX.study.sample \
-int 10.3e6 10.7e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/chrX/example.chrX.prephasing.impute2

Шаг 2: Вложение в предварительно фазированную хромосому X гаплотипы

./impute2 \
-use_prephased_g \
-chrX \
-m ./Example/chrX/example.chrX.map \
-h ./Example/chrX/example.chrX.reference.hap \
-l ./Example/chrX/example.chrX.reference.legend \
-known_haps_g ./Example/chrX/example.chrX.prephasing.impute2_haps \
-int 10.3e6 10.7e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/chrX/example.chrX.one.phased.impute2
-phase

Импутация с одной поэтапной эталонной панелью (хромосома X)

Этот пример представляет собой поворот к обычному сценарию вменяя нетипизированные SNP в набор данных исследования из панели справочные гаплотипы.Здесь мы хотим провести анализ на хромосома X, которая требует специального лечения из-за гемизиготность самцов. (Этот пример и файлы в нашем пакеты загрузки ориентированы на не псевдоавтосомные часть хромосомы X.)

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./impute2 \
-chrX \
-м ./Example/chrX/example.chrX.map \
-h ./Example/chrX/example.chrX.reference.hap \
-l ./Example/chrX/example.chrX.reference.legend \
-g ./Example/chrX/example.chrX.study.gen \
-sample_g ./Example/chrX/example.chrX.study.sample \
-int 10.3e6 10.7e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/chrX/example.chrX.one.phased.impute2

Комментарии

• Модель -chrX флаг важен, потому что он сообщает IMPUTE2 ожидать специальный соглашения о форматировании файлов, используемые для данных хромосомы X.
• Каждый раз, когда вы анализируете данные по хромосоме X, вы также должны предоставить -sample_g файл, чтобы программа знала, какие люди являются мужчинами и которые женщины. Вы можете узнать о конкретных требования этого файла здесь.
• Нет необходимости использовать другое значение -Ne на хромосоме X, чем на аутосомах; модель -chrX флаг указывает IMPUTE2 автоматически уменьшить значение на 25%, что меняет параметры копирования гаплотипа модель.
• Как и входные файлы, выходные файлы IMPUTE2 из анализы хромосомы X следует интерпретировать в соответствии с этими условности.

Форматы файлов для хромосомы X

Среди хромосом человека хромосома X уникальна тем, что головокружение (две копии) у самок и гемизиготное (одна копия) у самцы. Чтобы работать с данными хромосомы X, IMPUTE2 требует что вы используете -chrX flag и внесите небольшие изменения в форматы входных файлов.

• Файл генотипов (-g): Как в стандартном -g файл, у каждого исследователя должно быть три столбца (вероятности генотипа) на SNP. Для женщин это стандартная интерпретация, что столбцы 1, 2 и 3 представляют P (G = 0), P (G = 1) и P (G = 2) соответственно, где G = 1 — гетерозиготное состояние. У самцов есть только два возможных генотипа на хромосома X, и мы кодируем их в столбцах 1 и 3; столбец 2, что соответствует P (G = 1), всегда должен быть равен нулю в этом настройки, и ненулевые значения в этом столбце будут автоматически быть усеченным до нуля для мужчин, когда -chrX флаг активен.
• Пример файла (-sample_g): Для того, чтобы соглашение о входном генотипе, объясненное выше, работа, IMPUTE2 необходимо знать, кто изучает мужчины и женщины. Это достигается добавление дополнительного столбца с именем «пол» в -sample_g файл, который требуется при использовании -chrX флаг. Этот столбец должен иметь код типа «D». (дискретная ковариата), где мужчины обозначены цифрами ‘1’ и женщины обозначены двойками.Вот фрагмент примера, где первый человек — женщина, а второй и третий особи — мужчины:

  ID_1 ID_2 отсутствует пол
  0 0 0 D
  INDIV1 INDIV1 0,0 2
  INDIV2 INDIV2 0,0 1
  INDIV3 INDIV3 0,0 1
  

• Ссылочный файл гаплотипов (-h): Обычно не имеет значения, какие ссылочные лица самец или самка, когда их генотипы уже определены.Однако иногда может быть удобно создать -h файл с двумя столбцами на человека, поэтому IMPUTE2 допускает наличие фиктивных столбцов из ‘-‘ символы для представления несуществующих вторых гаплотипов самцов на хромосоме X. Например, вот небольшой гаплотип файл с 5 SNP (по одному в строке), набранным по женскому типу (столбцы 1-2) и два самца (столбцы 3-4 и 5-6):

  0 1 1 — 0 —
  0 0 1 — 1 —
  1 0 0 — 1 —
  1 1 0 — 1 —
  0 0 1 — 0 —
  

  Фиктивные столбцы не являются обязательными — следующее будет одинаково допустимый формат для того же файла:

  0 1 1 0
  0 0 1 1
  1 0 0 1
  1 1 0 1
  0 0 1 0
  

• Выходные файлы (-o): Основной выходной файл будет следовать тому же соглашению, что и файл генотипов, описанный выше: у каждого человека есть три записей на SNP, но средняя запись устанавливается на ноль для самцы.Когда IMPUTE2 создает выходные файлы гаплотипа для хромосомы X у мужчин и женщин будет два столбца на человека, хотя вторая колонка для каждого мужчины будет быть заполненным фиктивными значениями ‘-‘.

Импутация с одной фазированной эталонной панелью (плюс вариант фильтрация)

Этот пример представляет собой поворот к обычному сценарию вменяя нетипизированные SNP в набор данных исследования из панели справочные гаплотипы.Здесь мы хотим провести анализ после гибкого удаления подмножества сайтов из ссылки панель.

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./impute2 \
-filt_rules_l ‘eur.maf <0,01' 'afr.maf <= 0,05' 'TYPE == LOWCOV' \
-m ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.annot.legend \
-g ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.one.phased.impute2

Комментарии

• Главное новшество здесь — использование -filt_rules_l вариант. Эта опция работает, определяя «правила фильтрации», которые объединить категории аннотаций (здесь евро.маф и afr.maf и ТИП ) со сравнением операторы ( < и <= и == ) и значения ( 0,01 и 0,05 и LOWCOV ). Каждый строка аннотации присутствует в первой строке файла -l за которым следует столбец числовых или символьных значений (по одному для каждого сайта в справочной панели), которые определяют следует ли отфильтровать данный сайт из ссылки задавать.В этом примере правила фильтрации сообщают IMPUTE2 игнорировать референсные варианты с меньшей частотой минорного аллеля чем 1% в европейской панели ИЛИ меньше чем 5% в африканской группе ИЛИ сайты, помеченные как LOWCOV (Правила фильтрации всегда применяются по принципу «ИЛИ».)
• Вы ​​можете создать свои собственные правила фильтрации, добавив числовые или столбцы аннотации символов к файлу справочной легенды ( -l ), или вы можете использовать аннотации, которые мы предоставляем в некоторых из наших справочная панель загрузки пакетов.Например, у нас есть включены частоты минорных аллелей континентального уровня в файлы легенд для 1000 Интегрированная референсная панель по фазе 1 «Геномы».
• РУКОВОДСТВО ПО ЭКСПЛУАТАЦИИ ДЛЯ ФИЛЬТРАЦИИ ПРАВИЛА: Наша основная мотивация в создании -filt_rules_l вариант заключался в том, чтобы предоставить быстрый и простой способ уменьшить вычислительная нагрузка большой, основанной на последовательностях ссылки панели. Принципиальный способ сделать это — удалить ссылку SNP, которые, как ожидается, будут обеспечивать наименьшую мощность в анализ ассоциации на основе вменения.Мы предлагаем самые редкие SNP в наборе данных попадают в эту категорию, потому что при многих исследованиях, как правило, меньше возможностей для их обнаружения конструкции и поскольку такие SNP часто труднее приписать, что еще больше снижает реальную мощность обнаружения. Итак, один простой подход — использовать второстепенный правило фильтрации частоты аллелей (например, ‘eur.maf <0,01' ) для аннотаций MAF от населения, подобного тому, учился.

Импутация с одной нефазированной эталонной панелью

Не обязательно, чтобы эталонная панель была поэтапной: IMPUTE2 может выполнять фазирование внутри компании, учитывая фазу неопределенность. Чтобы использовать бесфазную контрольную панель, просто замените файлы -h и -l с файлом -g_ref .

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./ impute2 \
-м ./Example/example.chr22.map \
-g_ref ./Example/example.chr22.reference.gens \
-strand_g_ref ./Example/example.chr22.reference.strand \
-g ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.one.unphased.impute2

Комментарии

• Как и при любом вмененном анализе, важно, чтобы все ваши входные файлы были выровнены по кодирование одного и того же аллеля в общих SNP.В этом примере мы предполагаем, что как -g_ref и -g файлов включать SNP, которые не совпадают с положительной цепью эталонная последовательность генома человека, поэтому мы используем -strand_g_ref и -strand_g варианты, чтобы привести их в соответствие.
• Эта процедура не рекомендуется для бесфазного обращения панели с высокой плотностью SNP, например, из исследований повторного упорядочения выборок населения.В этом В такой ситуации могут возникнуть проблемы со статистической конвергенцией, которые может снизить качество вменения. Если вам нужен совет по как использовать такой набор справочных данных, отправьте сообщение на нашу почту список.

Импутация с двухфазными эталонными панелями

Иногда полезно использовать несколько справочных панелей для вменять генотипы в одном исследовании. Например, ранее мы рекомендуется комбинировать референсные гаплотипы из 1000 Пилотный проект Genomes и HapMap 3: предоставлен первый набор широкий охват полиморфизмов в геноме, в то время как второй набор предоставил больший размер выборки для подмножества SNP.Мы больше не рекомендую использовать эту гибридную справочную панель потому что проект «1000 геномов» принес еще больше справочные наборы (которые можно скачать здесь), но у некоторых исследователей могут быть дополнительные справочные данные, которые можно было бы использовать таким образом.

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./ impute2 \
-м ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
./Example/example.chr22.hm3.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.legend \
./Example/example.chr22.hm3.legend \
-г ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.two.phased.impute2

Комментарии

• Это несколько сложный сценарий, и некоторые ограничения необходимы для обеспечения статистической техника даст хорошие результаты.В идеале одна ссылка панель должна содержать подмножество SNP, набранных в другом справочная панель, а набор данных исследования должен содержать подмножество SNP, набранных в обеих справочных панелях. Если ваш набор данных существенно отклоняется от этих условий, вы можете получить неоптимальная точность вменения. Отправьте сообщение на наш почта перечислите, если вам нужен совет о том, будет ли эта схема работать с вашими данными.
• Предполагая, что описанные выше условия почти доволен, справочная панель с большим количеством SNP всегда должно быть первым в командной строке.В этом примере в панели «1000 геномов» («1кГ») больше SNP, чем в панель HapMap 3 («hm3»), поэтому файлы 1,000 Genomes перечислены первыми после -h и -l аргументы.
• Здесь мы использовали -strand_g возможность предоставить программе файл прядей. Этот файл сообщает IMPUTE2 , как выровнять аллель, кодирующий между исследованные генотипы ( -g файл) и эталонных гаплотипов ( -h и -l файлов; Предполагается, что он выровнен с «+» цепью генома человека справочная последовательность).Вы всегда должны соответствовать кодировки аллелей во входных наборах данных, либо перед запуском IMPUTE2 или во время запуска с варианты описаны здесь.

Импутация с двумя поэтапными справочными панелями (объединить ссылку панели)

Многие исследователи имеют доступ к нескольким справочным панелям. это может послужить основой для их анализа вменения. Например, они может захотеть дополнить гаплотипы 1000 геномов (которые могут скачать здесь) со специальными данными секвенирования из исследуемой популяции.

Если у вас есть две панели, которые были поэтапно помещены в IMPUTE2 справочный формат (пары файлов легенды и гаплотипов), вы можете спросить программа для их внутреннего объединения и вменения генотипов вашего исследования введя следующую команду, которая использует пример данных, приходят с программой скачать:

./impute2 \
-merge_ref_panels \
-m ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
./Example/example.chr22.hm3.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.legend \
./Example/example.chr22.hm3.legend \
-г ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.two.phased.impute2

Комментарии

Импутация с одной фазовой и одной бесфазной эталонной панелью

Иногда бывает полезно совместить поэтапную справочную панель с бесфазной эталонной панелью при вменении генотипов в исследование.Например, Хауи и другие. (2009) считается гибридной эталонной панелью которые включали фазированные гаплотипы из HapMap и нефазированные генотипы из контрольных групп населения, типизированные на нескольких чипах SNP (они назвали эту конфигурацию «Сценарий B»). Используя генетическая информация в обеих панелях одновременно, IMPUTE2 может достичь лучшего сочетания точности и охвата, чем это было бы только с любой панелью.

Следующая команда показывает, как запустить такой анализ. с IMPUTE2 , используя данные примера, которые идут с скачать программу:

./impute2 \
-м ./Example/example.chr22.map \
-h ./Example/example.chr22.1kG.haps \
-l ./Example/example.chr22.1kG.legend \
-g_ref ./Example/example.chr22.reference.gens \
-strand_g_ref ./Example/example.chr22.reference.strand \
-g ./Example/example.chr22.study.gens \
-strand_g ./Example/example.chr22.study.strand \
-int 20.4e6 20.5e6 \
-Ne 20000 \
-o ./Example/example.chr22.one.phased.one.unphased.impute2

Комментарии

• Это несколько сложный сценарий, и некоторые ограничения необходимы для обеспечения статистической техника даст хорошие результаты. В идеале данные исследования (файл -g, ) должен содержать подмножество SNP в нефазированной ссылке панель ( -g_ref файл), который, в свою очередь, должен содержать подмножество SNP в поэтапная эталонная панель ( -h и -l файлы).Если ваш набор данных существенно отличается от этих условиях, вы можете получить неоптимальную точность вменения. Пожалуйста, напишите нам на почту перечислите, если вам нужен совет о том, будет ли эта схема работать с вашим набором данных.
• Здесь мы использовали -strand_g и -strand_g_ref параметры для предоставления программных файлов. Эти файлы расскажите IMPUTE2 , как выровнять аллель, кодирующий изучить генотипы (файл -g ) и референсные нефазированные генотипы ( -g_ref файл) с кодированием поэтапных референсных гаплотипов (файлы -h и -l ; Предполагается, что он выровнен с «+» цепью генома человека справочная последовательность).Вы всегда должны соответствовать кодировки аллелей во входных наборах данных, либо перед запуском IMPUTE2 или во время запуска с варианты описаны здесь.
• Необходимо вызвать дополнительные параметры, если вы хотите включить -g_ref панель в ваших ассоциативных тестах (например, как часть вашего контроля задавать). Этот процесс требует значительного вменения экспертизы, и мы предпочитаем консультировать людей об этом на индивидуальная основа.Если вы заинтересованы в использовании этого подход, отправьте сообщение на нашу почту список.

Вменение с одним поэтапным и одним unph

Что означает MTAIP? — Определение MTAIP

MTAIP означает проект повышения точности MAF / TIGER

Какое сокращение для проекта повышения точности MAF / TIGER?

Проект повышения точности MAF / TIGER может быть сокращен как MTAIP

Самые популярные вопросы, которые люди ищут перед тем, как перейти на эту страницу

Аббревиатуры или сленг с аналогичным значением

Определение улучшения Merriam-Webster

Определение улучшения

b : пример такого улучшения : то, что увеличивает ценность или превосходство

Примеры улучшения в предложении

Врачи были поражены внезапным улучшением ее состояния здоровья.Я заметил существенное улучшение в вашей работе с весны. Перед печатью в статью редактор внес улучшений и . Они потратили деньги на новые кухонные шкафы и другие улучшения дома .